MN967471.1 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 616.055 bits (333), Expect = 5.712e-174
Identity = 392/421 (93.11%), Postives = 392/421 (93.11%), Query Frame = 1

Query:      507 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 926
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Sbjct:  2519050 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 2519469

HSP 2 Score: 499.716 bits (270), Expect = 6.002e-139
Identity = 372/421 (88.36%), Postives = 372/421 (88.36%), Query Frame = 1

Query:      507 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 926
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Sbjct:  2528610 AGAAATTTTTAATCAGTTGAAGGACGAGATAGAAAAAATCAAAGAAAACATAAATGGTAATGATATCATGGGAATATTAGCCTTATACGAAGCTTCTTTTTATGAGAAAAAAGACGAAAGTATTTTAAAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTAAATGTCTCAAAAACTACACTATAATGATATC-AGAGCAAAAAAAGTTAATGATTGATAATGATTATGATTATGAT-A-----TCGAAGTAGTGAATCATGCCTTAGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACCACAAGAACAGAAGCAAAGTGGTTCATTGACGCATATGCGAAAAAACAAGACATGAATCCTATGTTGCTTGAGTTAGCCAAACTCGATTTCAACATAGTACAATCAACACATCATGAAGATCTAAAACATATATTCAGGTG 2529023

HSP 3 Score: 387.07 bits (209), Expect = 4.875e-105
Identity = 228/237 (96.20%), Postives = 228/237 (96.20%), Query Frame = 1

Query:      908 TAAA-ACATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:  2519552 TAAATATATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 2519788

HSP 4 Score: 337.211 bits (182), Expect = 4.980e-90
Identity = 211/225 (93.78%), Postives = 211/225 (93.78%), Query Frame = 1

Query:      918 ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:  2529109 ATT-AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 2529332

HSP 5 Score: 327.977 bits (177), Expect = 2.997e-87
Identity = 263/303 (86.80%), Postives = 263/303 (86.80%), Query Frame = 1

Query:     1537 GAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCCATAGATACTTAA 1839
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Sbjct:  2521800 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATAA---TG-A--TG-T--TGGA-T--TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATATACATAA 2522090

HSP 6 Score: 313.204 bits (169), Expect = 8.392e-83
Identity = 233/264 (88.26%), Postives = 233/264 (88.26%), Query Frame = 1

Query:      246 ATATG-AGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGTTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:  2527509 ATATGCAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAAAATATTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATAT--CAATATTAATAATCCTAATTATAATTTATATGCTATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2527770

HSP 7 Score: 276.271 bits (149), Expect = 1.101e-71
Identity = 231/270 (85.56%), Postives = 231/270 (85.56%), Query Frame = 1

Query:      246 ATATG-AGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGT--T-AATAACCCTAATT---ATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:  2516922 ATATGCAGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATATATTAATATGATCAATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2517191

HSP 8 Score: 239.338 bits (129), Expect = 1.445e-60
Identity = 226/270 (83.70%), Postives = 226/270 (83.70%), Query Frame = 1

Query:     1284 GTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATC 1535
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Sbjct:  2530193 GTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACAATGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 2530462

HSP 9 Score: 206.098 bits (111), Expect = 1.465e-50
Identity = 133/144 (92.36%), Postives = 133/144 (92.36%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
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Sbjct:  2529471 AGATGGGATGTGAAAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATCTTGTTTTACACAATACCATAAATGATATGGTCTTTGAGGTGTTAAGAGACCAAGGAATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 2529614

HSP 10 Score: 204.252 bits (110), Expect = 5.270e-50
Identity = 140/155 (90.32%), Postives = 140/155 (90.32%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGATAGATAT 1295
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Sbjct:  2520436 AGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTATATATATAT 2520590

HSP 11 Score: 187.632 bits (101), Expect = 5.307e-45
Identity = 181/221 (81.90%), Postives = 181/221 (81.90%), Query Frame = 1

Query:      922 AGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:  3143570 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 3143790

[Close]

BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: AGQN03003403.1
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush 003407F, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 604.975 bits (327), Expect = 1.236e-170
Identity = 390/421 (92.64%), Postives = 390/421 (92.64%), Query Frame = 1

Query:      507 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 926
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Sbjct:    17986 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGATGATCTAAAACATATATTCAGGTG 18405

HSP 2 Score: 385.223 bits (208), Expect = 1.753e-104
Identity = 223/230 (96.96%), Postives = 223/230 (96.96%), Query Frame = 1

Query:      914 ATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:    18496 ATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 18725

HSP 3 Score: 337.211 bits (182), Expect = 4.980e-90
Identity = 211/225 (93.78%), Postives = 211/225 (93.78%), Query Frame = 1

Query:      918 ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:    27968 ATT-AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 28191

HSP 4 Score: 326.131 bits (176), Expect = 1.078e-86
Identity = 235/264 (89.02%), Postives = 235/264 (89.02%), Query Frame = 1

Query:      246 ATATG-AGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGTTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:    26368 ATATGCAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAAAAAATATTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATATGTCAATATTAATAATCCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 26631

HSP 5 Score: 324.284 bits (175), Expect = 3.877e-86
Identity = 263/303 (86.80%), Postives = 263/303 (86.80%), Query Frame = 1

Query:     1537 GAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCCATAGATACTTAA 1839
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Sbjct:    20672 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAA-GTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATAA---TG-A--TG-T--TGGA-T--TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAA-AAA-AATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATATACATAA 20959

HSP 6 Score: 259.651 bits (140), Expect = 1.109e-66
Identity = 229/271 (84.50%), Postives = 229/271 (84.50%), Query Frame = 1

Query:      246 ATATG-AGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGT--T-AATAACCCTAATT----ATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:    15853 ATATGCAGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTAAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTA-TTTGAAAGAAAAATATATTAATATGATCAATAACCCTAATTATTAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 16122

HSP 7 Score: 239.338 bits (129), Expect = 1.445e-60
Identity = 226/270 (83.70%), Postives = 226/270 (83.70%), Query Frame = 1

Query:     1284 GTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATC 1535
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Sbjct:    36053 GTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGCACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAACAACATCATC 36322

HSP 8 Score: 211.638 bits (114), Expect = 3.149e-52
Identity = 134/144 (93.06%), Postives = 134/144 (93.06%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
                ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct:    28326 AGATGGGATGTGAAAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATCTTGTTTTACACAATACCATAAATGATATGGTATTTGAGGTGTTAAGAGACCAAGAAATCTCCATCAACATTCAATATCTTAAGAAAACG 28469

HSP 9 Score: 200.558 bits (108), Expect = 6.817e-49
Identity = 132/144 (91.67%), Postives = 132/144 (91.67%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
                ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:    19312 AGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 19455


Match Name	Summary
CM010790.2	E-Value: 5.712e-174, PID: 93.11 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]
AGQN03003403.1	E-Value: 1.236e-170, PID: 92.64 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush 003407F, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-70835_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 414.77 bits (224), Expect = 2.951e-114
Identity = 324/371 (87.33%), Postives = 324/371 (87.33%), Query Frame = 1

Query:      514 TTTAATCA-T-TTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACAT 881
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Sbjct:      618 TTTAA-CACTCTTGAAGGACGAGATAGAAAAAATCAAAGAAAACATAAATGGTAATGATATCATGGGAATATTAGCCTTATACGAAGCTTCTTTTTATGAGAAAAAAGACGAAAGTATTTTAAAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTAAATGTCTCAAAAACTACACTATAATGATATC-AGAGCAAAAAAAGTTAATGATTGATAATGATTATGATTATGAT-A-----TCGAAGTAGTGAATCATGCCTTAGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACCACAAGAACAGAAGCAAAGTGGTTCATTGACGCATATGCGAAAAAACAAGACATGAATCCTATGTTGCTTGAGTTAGCCAAACTCGATTTCAACAT 980

HSP 2 Score: 368.604 bits (199), Expect = 2.330e-100
Identity = 242/263 (92.02%), Postives = 242/263 (92.02%), Query Frame = 1

Query:      559 ATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGT 820
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Sbjct:        4 ATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGT 265


Match Name	Summary
PKGMv1-70835_t	E-Value: 2.951e-114, PID: 87.33 Description: No definition line [more]

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 610.515 bits (330), Expect = 2.611e-172
Identity = 391/421 (92.87%), Postives = 391/421 (92.87%), Query Frame = 1

Query:      507 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 926
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Sbjct:  2020238 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 2020657

HSP 2 Score: 499.716 bits (270), Expect = 5.897e-139
Identity = 372/421 (88.36%), Postives = 372/421 (88.36%), Query Frame = 1

Query:      507 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 926
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Sbjct:  2034629 AGAGATTTTTAATCAGTTGAAGGACGAGATAGAAAACATCAAAAAACACATAAATGGTAATGATATCATGGGAGTATTAGCCTTATACGAAGCTTCTTTTTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAAAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTAAATGTCTCAAAAACTACACTATAATGATATC-AGAGCAAAAAAAGTTAATGATTGATAATGATTATGATTATGAT-A-----TCGAAGTAGTGAATCATGCCTTAGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACCACAAGAACAGAAGCAAAGTGGTTCATTGACGCATATGCGAAAAAACAAGACATGAATCCTATGTTGCTTGAGTTAGCCAAACTCGATTTCAACATAGTACAATCAACACATCATGAAGATCTAAAACATATATTCAGGTG 2035042

HSP 3 Score: 370.45 bits (200), Expect = 4.824e-100
Identity = 225/237 (94.94%), Postives = 225/237 (94.94%), Query Frame = 1

Query:      908 TAAA-ACATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:  2020740 TAAATATATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAATTTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAATTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAATAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 2020976

HSP 4 Score: 337.211 bits (182), Expect = 4.892e-90
Identity = 211/225 (93.78%), Postives = 211/225 (93.78%), Query Frame = 1

Query:      918 ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:  2035138 ATT-AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 2035361

HSP 5 Score: 331.671 bits (179), Expect = 2.276e-88
Identity = 236/264 (89.39%), Postives = 236/264 (89.39%), Query Frame = 1

Query:      246 ATATG-AGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGTTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:  2029267 ATATGCAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAAAAGATGTTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATATGTTAATATTAATAATCCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2029530

HSP 6 Score: 327.977 bits (177), Expect = 2.945e-87
Identity = 263/303 (86.80%), Postives = 263/303 (86.80%), Query Frame = 1

Query:     1537 GAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCCATAGATACTTAA 1839
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Sbjct:  2022991 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATAA---TG-A--TG-T--TGGA-T--TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATATACATAA 2023281

HSP 7 Score: 276.271 bits (149), Expect = 1.082e-71
Identity = 231/270 (85.56%), Postives = 231/270 (85.56%), Query Frame = 1

Query:      246 ATATG-AGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGT--T-AATAACCCTAATT---ATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:  2018101 ATATGCAGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATATATTAATATGATCAATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2018370

HSP 8 Score: 244.878 bits (132), Expect = 3.051e-62
Identity = 227/270 (84.07%), Postives = 227/270 (84.07%), Query Frame = 1

Query:     1284 GTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATC 1535
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Sbjct:  2036267 GTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 2036536

HSP 9 Score: 211.638 bits (114), Expect = 3.094e-52
Identity = 134/144 (93.06%), Postives = 134/144 (93.06%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
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Sbjct:  2035501 AGATGGGATGTGAAAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATCTTGTTTTACACAATACCATAAATGATATGGTATTTGAGGTGTTAAGAGACCAAGAAATTTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 2035644

HSP 10 Score: 200.558 bits (108), Expect = 6.697e-49
Identity = 132/144 (91.67%), Postives = 132/144 (91.67%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
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Sbjct:  2021626 AGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 2021769

HSP 11 Score: 187.632 bits (101), Expect = 5.214e-45
Identity = 181/221 (81.90%), Postives = 181/221 (81.90%), Query Frame = 1

Query:      922 AGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:  2396996 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 2396776

[Close]

BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: NW_022060378.1
Description: Cannabis sativa unplaced genomic scaffold, cs10 ctgX15, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 510.796 bits (276), Expect = 2.724e-142
Identity = 373/420 (88.81%), Postives = 373/420 (88.81%), Query Frame = 1

Query:      507 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAG-AAAAGAAATTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGT 925
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Sbjct:   197143 AGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAA---GTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATC-AGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGT 196728

HSP 2 Score: 449.856 bits (243), Expect = 6.023e-124
Identity = 283/302 (93.71%), Postives = 283/302 (93.71%), Query Frame = 1

Query:     1537 GAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAA-TGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCC--ATAGATAC 1835
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Sbjct:   193001 GAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAGATAC 192701

HSP 3 Score: 381.53 bits (206), Expect = 2.228e-103
Identity = 238/254 (93.70%), Postives = 238/254 (93.70%), Query Frame = 1

Query:     1284 GTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATCTG 1537
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Sbjct:   193681 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGTTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTG 193428

HSP 4 Score: 361.217 bits (195), Expect = 2.903e-97
Identity = 222/235 (94.47%), Postives = 222/235 (94.47%), Query Frame = 1

Query:      909 AAAACATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 1142
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Sbjct:   196619 AAAATATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 196385

HSP 5 Score: 311.357 bits (168), Expect = 2.965e-82
Identity = 236/267 (88.39%), Postives = 236/267 (88.39%), Query Frame = 1

Query:      254 GAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAAT------G------TTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAG 508
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Sbjct:   197693 GAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 197427

HSP 6 Score: 189.479 bits (102), Expect = 1.450e-45
Identity = 131/145 (90.34%), Postives = 131/145 (90.34%), Query Frame = 1

Query:     1141 AGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGA-CAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
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Sbjct:   195279 AGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAA-ATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 195136


Match Name	Summary
NC_044374.1	E-Value: 2.611e-172, PID: 92.87 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]
NW_022060378.1	E-Value: 2.724e-142, PID: 88.81 Description: Cannabis sativa unplaced genomic scaffold, cs10 ctgX15, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030629489.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 2255.88 bits (1221), Expect = 0.000e+0
Identity = 1544/1700 (90.82%), Postives = 1544/1700 (90.82%), Query Frame = 1

Query:      152 TAGTCGATAGTTCTAATCCAATTATCGATCGACGATCGGGCAACTATGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAGTCTCTTACAAGCCAATATGAGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATG-C-----CAAT-G-----TTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAG-AAAAGAAATTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAG-AAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCC--ATAGATAC 1835
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Sbjct:       92 TAGT-GATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATA---AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATC-AGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGTTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAGATAC 1785

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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030629488.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 2241.11 bits (1213), Expect = 0.000e+0
Identity = 1544/1703 (90.66%), Postives = 1544/1703 (90.66%), Query Frame = 1

Query:      152 TAGTCGATAGTTCTAATCCAATTATCGATCGACGATCGGGCAACTATGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAGTCTCTTACAAGCCAATATGAGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATG-C-----CAAT-G-----TTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCA---AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAG-AAAAGAAATTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAG-AAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCC--ATAGATAC 1835
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Sbjct:       94 TAGT-GATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGCAGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATA---AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATC-AGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGTTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAGATAC 1790

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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645438.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716604), mRNA

HSP 1 Score: 2180.17 bits (1180), Expect = 0.000e+0
Identity = 1564/1746 (89.58%), Postives = 1564/1746 (89.58%), Query Frame = 1

Query:      120 ATCAAGTGCTTGCTACCCCATTCA-ATGTACTGTAGTCGATAGTTCTAATCCAATTATCGATCGACGATCGGGCAACTATGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAGTCTCTTACAAGCCAATATGAGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATAT-GCCA-ATG-TTAATAACCCTAATT---ATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAAT-A-A-T-A-A-------------TAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCCATAGATACTTAA 1839
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Sbjct:      153 ATCAAGTGCATGCTACCCCAT-CATATGTGCTGTGGTCAATAGTTCTAATGCAATTATTGATCGACGATCTGCCAACTTTGAGCCCTCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAATCTCTTACAAGCCAATATAAGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATATATTAATATGATCAATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAATTTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAATTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAATAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGAGGTTTTTTACAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATATACACCAACACTAGAAGAATATATTAAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCGGTTCTAATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATGCAAATTATAATCACACAGTTACAAGTAGTAAAGAGATTTTCGAATGCTTTGAACATGGTTATTATCCCGCCATAATTCGTCATAGTGCCATAATATTACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCGGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATAA---TGA-T--G-T--TGGAT---TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATATACATAA 1884

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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645439.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716605), mRNA

HSP 1 Score: 2111.84 bits (1143), Expect = 0.000e+0
Identity = 1595/1809 (88.17%), Postives = 1595/1809 (88.17%), Query Frame = 1

Query:       50 TTACACCAAAAAAATGTACTAATTATAATTATAATTTTGTTAGTAGTACTACAAGATCAAGATTATCAAGATCAAGTGCTTGCTACCCCATTCAATGTACTGTAGTCGATAGTTCTAATCCAATTATCGATCGACGATCGGGCAACTATGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAGTCTCTTACAAGCCAATATGAGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCCAATGTTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAGAAAAGAAA-TTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCCATAGATACTTAA 1839
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Sbjct:      124 TTAGACCAAAAGTATATACTAATTATAAT-AT--TATTAATAATAATGCTACAAAATCAAGATT------ATCAAGTGCATGCTACCCCATCCAATGTGCTGTGGTCAATAGTTCTAATGCAATTATTGATCGACGATCTGCCAACTTTGAGCCCTCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAATCTCTTACAAGTCAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAAAAGATGTTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATATGTTAATATTAATAATCCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCAGTTGAAGGACGAGATAGAAAACATCAAAAAACACATAAATGGTAATGATATCATGGGAGTATTAGCCTTATACGAAGCTTCTTTTTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAAAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTAAATGTCTCAAAAACTACACTATAATGATATC-AGAGCAAAAAAAGTTAATGATTGATAATGATTATGATTATGAT----A--TCGAAGTAGTGAATCATGCCTTAGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACCACAAGAACAGAAGCAAAGTGGTTCATTGACGCATATGCGAAAAAACAAGACATGAATCCTATGTTGCTTGAGTTAGCCAAACTCGATTTCAACATAGTACAATCAACACATCATGAAGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGAAAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATCTTGTTTTACACAATACCATAAATGATATGGTATTTGAGGTGTTAAGAGACCAAGAAATTTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATCATCGGAGGAATTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATGTTAAGTTTTTAATAAATGAAGCATGGAAGGAGATGAATAA---TGA-T--G-T--TGGAT---TATATCCAATCTCATTGACTGAAGATGCTACAAACTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATATATCAACATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCCTATATACATAA 1904

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BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030629490.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X3, mRNA

HSP 1 Score: 1415.65 bits (766), Expect = 0.000e+0
Identity = 1026/1150 (89.22%), Postives = 1026/1150 (89.22%), Query Frame = 1

Query:      152 TAGTCGATAGTTCTAATCCAATTATCGATCGACGATCGGGCAACTATGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAGTCTCTTACAAGCCAATATGAGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATG-C-----CAAT-G-----TTAATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCA---AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAGACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCGAAAACTACACTATAATGATATCGCAAG-AAAAGAAATTAATGATTGATAATGATTATGATTATGATTATAATTTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGACAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGA-CAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 1284
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Sbjct:       98 TAGT-GATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGCAGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATA---AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATC-AGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAA-ATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 1241

HSP 2 Score: 449.856 bits (243), Expect = 4.494e-125
Identity = 283/302 (93.71%), Postives = 283/302 (93.71%), Query Frame = 1

Query:     1537 GAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAG-AAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCCC--ATAGATAC 1835
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Sbjct:     1242 GAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAGATAC 1542

[Close]

BLAST of MN967471.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644559.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 833.959 bits (451), Expect = 0.000e+0
Identity = 1279/1680 (76.13%), Postives = 1279/1680 (76.13%), Query Frame = 1

Query:      185 GATCGGGCAACTATGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAGTCTCTT--A-CAAGCCAATATGAGAGAGAACCTTATAGAAGTCGGGTGAAAGAGATCGAGGGAGATGTGAAA-AG-GA-TGCTAGTTGAGATGGAA---AACTCTTTAGCTCAACTTGAGCTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGCTTTGAGAATGAAATAAGTACTATTTTGAAGGAAAAATATGCC---AATGTTA---ATAACCCTAATTATAATTTATACGCCATTGCTCTTGAATTTAGACTTCTACGTCAACATGGTTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGATGAG---ACAGGAAAATTCAAGGCAAACATAATTAGTGATGATATTATGGGAGTATTGGCCTTATACGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTTACAACTAAATATCTCG-AAA--AC-TA-C-ACTATAATGAT--ATCGCAAGAAAAGAAATTAATGATTGAT-AATGATTATGATTATGATTATAAT---TTCGAAGTAGTGAATCATGCATTAGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAATTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAGGTTGGAGTAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATATGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGACAATG-ATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTTTCTTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATAGTATTTGAGATATTAAGAGACAAAGACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGATAGATATGTGTAGAGGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATAGAAAATGGTTGGATCTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATA-AAGAGATTTTCGAA-TG-CTTGGAACATAGTTATTATCCTACCATAATTCATCATTGTGCCATAATATTACGACTTTCAAATGATCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGGAGAGAGGTGATGCTCCAGCATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAAAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGGTTTTAATAAGTGAAGCATGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGAT--GGA-T-TAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCCAAAAACTTTGCTAGGATGGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCGATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTGATTATTAAACCTATTCC 1826
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Sbjct:      205 GATCAGCCAATTATGAACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTACATTCAATCTCTTTCATCAAGCCAATATAAGGGAGAAACATGTACAAGTAGATTGAATGAGCTAGAGGCAAATGTGAAAGAGATATTGTTAGTTGAGATGAAATCTAACTCTTTAGCTCAACTTGAGTTTATTGATGCATTGCAAAGACTTGGATTATCTTACCGTTTCGAGACTGAAATAAACACTATTTTAAATGAAAAGTACTCCGGTAATATTATCGATAACCCTAATTATAATTTGTACGCCACAGCTCTCGAATTCAGGCTTCTACGCCATCATGGTTATGATGTATCTCAAGAAATTTTCAATGTGTTTAAGGATGAGATTACAAGCAAGTTCAAGGCAAGAACGAGTGGCGAAGATATAATTGGAGTATTGGCTTTATACGAAGCTTCATTCTATGGCAAAAAAAGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCTAGGGTTTCCTCAATCGAATGTCTCGAAAATTACGTAGCAACTATGACGATGGAGCG-AAACAAA-CCA-TCATTATTAGTCAATGATTATGATGATGATAATAATATGTTATTATTAGTGAATCATGCCTTGGAGCTTCCACTTTATTGGAGAATAACAAGATCAGAAGCAAGGTGGTTCATTGATTTATATGAAAAAAATCATAACATGAATTCTACTTTGCTTGAATTTGCCAAATTGGATTACAACATGGTACAATCCATATATCAAGAAGATCTAAAACATCTCTCAAGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAGATGGGATGTGA-AAGCAATGGATGATTTACCAGAATATATGAGGATGCCTTTCTTTCTTTTACACAATACCATAAACGAAATGGCTTTCGATGTGTTAGGACACCAA-A-ATTTCC-TCAACGTTAAATTCCTTAAGAGGACGTGGGTAGATTTCTGTAAACATCAATTACAAGAGGCAAAATGGTTTCACAGTGGATACAAACCAACATTCGAAGAATACATTAACAATGCATGGATTTCGGTATCAGGACCGATTATTCTTATGGATGCTTATTTCTCTCTTACAAATCCTGTTACAAAAGATGCCATAAATTTACTGGAAT-TAGGT-T-ATCCACCCATAATTTACCATGCATCCATGATTCTACGACTTACAGATGATCTAGGAACATCGAATGATGAAATGAAAAGAGGTGATATTCCGAAATCAATTCAATGTTACATGAACGATACAGGTGTTTCTGAAGATGAAGCTCGAGATCATATGAAGTTTCTAATAAGTGAATTATGGAAGGAAATAAATAA---TGAAGATGAAAATATGGACTCTCCTTTCTCAAAACA-ATTTCTTCAAAATTGTAAAAATCTTGCTAGAATATCACAATTTATATATCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAGGATAGTTTATCAAAACAAAGAATTTCAGAATTGATAATTAATCATATTCC 1870


Match Name	Summary
XM_030629489.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 90.82 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X2, mRNA [more]
XM_030629488.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 90.66 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030645438.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 89.58 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716604), mRNA [more]
XM_030645439.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 88.17 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716605), mRNA [more]
XM_030629490.1	E-Value: 4.494e-125, PID: 89.22 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X3, mRNA [more]
XM_030644559.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 76.13 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X1, mRNA [more]

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 12..30
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None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225:SF9		coord: 60..609
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None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE	Signal Peptide	coord: 1..18
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None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..32
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None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 7..29
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	GENE3D	1.10.600.10		coord: 70..594 e-value: 4.4E-190 score: 634.4
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	SUPERFAMILY	48576	Terpenoid synthases	coord: 281..610
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IPR036965	Terpene synthase, N-terminal domain superfamily	GENE3D	1.50.10.130		coord: 107..279 e-value: 4.4E-190 score: 634.4
IPR008930	Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid	SUPERFAMILY	48239	Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases	coord: 68..280

Cannabis sativa cultivar Purple Kush terpene synthase 36 mRNA
complete cds

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, FN-clones109 (TMM50 minvalue)

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

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Sequence

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1839

Sequence Checksum

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Summary

Resource Type	mRNA
Accession	MN967471.1
Organism	Cannabis sativa L.
Name	MN967471.1
Identifier	MN967471.1
Time Accessioned	Thursday, November 21, 2024 - 09:39
Time Last Modified	Thursday, November 21, 2024 - 09:39