MN967470.1 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: AGQN03003403.1
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush 003407F, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 507.102 bits (274), Expect = 3.345e-141
Identity = 373/421 (88.60%), Postives = 373/421 (88.60%), Query Frame = 1

Query:      393 AGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACAT-A--AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAA-TTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTG 809
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Sbjct:    17986 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGATGATCTAAAACATATATTCAGGTG 18405

HSP 2 Score: 374.144 bits (202), Expect = 3.540e-101
Identity = 221/230 (96.09%), Postives = 221/230 (96.09%), Query Frame = 1

Query:      797 ATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:    18496 ATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 18725

HSP 3 Score: 326.131 bits (176), Expect = 1.005e-86
Identity = 209/225 (92.89%), Postives = 209/225 (92.89%), Query Frame = 1

Query:      801 ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:    27968 ATT-AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 28191

HSP 4 Score: 316.897 bits (171), Expect = 6.050e-84
Identity = 257/296 (86.82%), Postives = 257/296 (86.82%), Query Frame = 1

Query:     1420 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATA 1715
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Sbjct:    20672 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAA-GTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATA--A-TG-A--TG-T--TGGA-T--TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAA-AAA-AATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATA 20952

HSP 5 Score: 294.738 bits (159), Expect = 2.835e-77
Identity = 235/270 (87.04%), Postives = 235/270 (87.04%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:    26374 AGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAAAAAATATTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATATGTCAATATTAAT---AAT---------CCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 26631

HSP 6 Score: 289.198 bits (156), Expect = 1.319e-75
Identity = 235/270 (87.04%), Postives = 235/270 (87.04%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAAT-A-A-AG--A---G-A-T-------TTTT-GAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 1418
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Sbjct:    19805 GTGGGTAGATATGTGTAGAGGTTTTTTACAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATATACACCAACACTAGAAGAATATATTAAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCGGTTCTAATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATGCAAATTATAATCACACAGTTACAAGTAGTAAAGAGATTTTCGAATGCTTTGAACATGGTTATTATCCCGCCATAATTCGTCATAGTGCCATAATATTACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 20074

HSP 7 Score: 283.658 bits (153), Expect = 6.136e-74
Identity = 234/270 (86.67%), Postives = 234/270 (86.67%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 1418
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Sbjct:    36053 GTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGCACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAACAACATCATC 36322

HSP 8 Score: 261.498 bits (141), Expect = 2.875e-67
Identity = 232/274 (84.67%), Postives = 232/274 (84.67%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATT----ATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:    15859 AGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTAAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTG-AAAGAAAAATATATTAATAT----G--A-TC--AATAACCCTAATTATTAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 16122

HSP 9 Score: 200.558 bits (108), Expect = 6.357e-49
Identity = 132/144 (91.67%), Postives = 132/144 (91.67%), Query Frame = 1

Query:     1024 AGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 1167
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Sbjct:    19312 AGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 19455

[Close]

BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 501.562 bits (271), Expect = 1.556e-139
Identity = 372/421 (88.36%), Postives = 372/421 (88.36%), Query Frame = 1

Query:      393 AGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACAT-A--AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAA-TTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTG 809
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Sbjct:  2519050 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 2519469

HSP 2 Score: 374.144 bits (202), Expect = 3.540e-101
Identity = 221/230 (96.09%), Postives = 221/230 (96.09%), Query Frame = 1

Query:      797 ATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:  2519559 ATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAAAAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 2519788

HSP 3 Score: 326.131 bits (176), Expect = 1.005e-86
Identity = 209/225 (92.89%), Postives = 209/225 (92.89%), Query Frame = 1

Query:      801 ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:  2529109 ATT-AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 2529332

HSP 4 Score: 320.591 bits (173), Expect = 4.677e-85
Identity = 257/296 (86.82%), Postives = 257/296 (86.82%), Query Frame = 1

Query:     1420 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATA 1715
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Sbjct:  2521800 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATA--A-TG-A--TG-T--TGGA-T--TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATA 2522083

HSP 5 Score: 298.431 bits (161), Expect = 2.191e-78
Identity = 236/270 (87.41%), Postives = 236/270 (87.41%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:  2527515 AGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAAAATATTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTTGAACAAAAAATAT--CAATATTAAT---AAT---------CCTAATTATAATTTATATGCTATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2527770

HSP 6 Score: 287.351 bits (155), Expect = 4.744e-75
Identity = 235/270 (87.04%), Postives = 235/270 (87.04%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAAT-A-A-AG--A---G-A-T-------TTTT-GAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 1418
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Sbjct:  2520934 GTGGGTAGATATGTGTAGAGGTTTTTTACAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATATACACCAACACTAGAAGAATATATTAAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACC-GTTCTAATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATGCAAATTATAATCACACAGTTACAAGTAGTAAAGAGATTTTCGAATGCTTTGAACATGGTTATTATCCCGCCATAATTCGTCATAGTGCCATAATATTACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 2521202

HSP 7 Score: 278.118 bits (150), Expect = 2.855e-72
Identity = 234/273 (85.71%), Postives = 234/273 (85.71%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATT---ATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:  2516928 AGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATATATTAATAT----G--A-TC--AATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2517191

HSP 8 Score: 272.578 bits (147), Expect = 1.328e-70
Identity = 232/270 (85.93%), Postives = 232/270 (85.93%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 1418
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Sbjct:  2530193 GTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACAATGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 2530462

HSP 9 Score: 202.405 bits (109), Expect = 1.768e-49
Identity = 133/145 (91.72%), Postives = 133/145 (91.72%), Query Frame = 1

Query:     1024 AGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGT 1168
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Sbjct:  2520436 AGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGT 2520580

HSP 10 Score: 165.472 bits (89), Expect = 2.319e-38
Identity = 177/221 (80.09%), Postives = 177/221 (80.09%), Query Frame = 1

Query:      805 AGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:  3143570 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 3143790


Match Name	Summary
AGQN03003403.1	E-Value: 3.345e-141, PID: 88.60 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush 003407F, whole genome shotgun sequence [more]
CM010790.2	E-Value: 1.556e-139, PID: 88.36 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-70835_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 292.891 bits (158), Expect = 1.345e-77
Identity = 223/255 (87.45%), Postives = 223/255 (87.45%), Query Frame = 1

Query:      445 AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAA-TTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGA 698
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Sbjct:        7 AGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATTGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGA 260


Match Name	Summary
PKGMv1-70835_t	E-Value: 1.345e-77, PID: 87.45 Description: No definition line [more]

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: NW_022060378.1
Description: Cannabis sativa unplaced genomic scaffold, cs10 ctgX15, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 747.167 bits (404), Expect = 0.000e+0
Identity = 412/416 (99.04%), Postives = 412/416 (99.04%), Query Frame = 1

Query:      393 AGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGT 808
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Sbjct:   197143 AGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGT 196728

HSP 2 Score: 527.415 bits (285), Expect = 2.522e-147
Identity = 294/298 (98.66%), Postives = 294/298 (98.66%), Query Frame = 1

Query:     1420 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAA-TATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1716
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Sbjct:   193001 GAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 192705

HSP 3 Score: 488.636 bits (264), Expect = 1.190e-135
Identity = 268/270 (99.26%), Postives = 268/270 (99.26%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:   197696 AGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 197427

HSP 4 Score: 453.549 bits (245), Expect = 4.342e-125
Identity = 251/254 (98.82%), Postives = 251/254 (98.82%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTG 1420
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Sbjct:   193681 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGTTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTG 193428

HSP 5 Score: 414.77 bits (224), Expect = 2.049e-113
Identity = 231/234 (98.72%), Postives = 231/234 (98.72%), Query Frame = 1

Query:      793 AAACATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:   196618 AAATATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 196385

HSP 6 Score: 267.038 bits (144), Expect = 6.071e-69
Identity = 144/144 (100.00%), Postives = 144/144 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1024 AGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 1167
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Sbjct:   195279 AGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 195136

HSP 7 Score: 219.025 bits (118), Expect = 1.724e-54
Identity = 124/127 (97.64%), Postives = 124/127 (97.64%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGATTGCATATCAGGCAAAATCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCATTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGG 127
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Sbjct:   198462 ATGGATTGCATATCAGCCAAAAGCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGG 198336

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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 507.102 bits (274), Expect = 3.286e-141
Identity = 373/421 (88.60%), Postives = 373/421 (88.60%), Query Frame = 1

Query:      393 AGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACAT-A--AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAA-TTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTG 809
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Sbjct:  2020238 AGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTG 2020657

HSP 2 Score: 363.064 bits (196), Expect = 7.527e-98
Identity = 219/230 (95.22%), Postives = 219/230 (95.22%), Query Frame = 1

Query:      797 ATAT-ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:  2020747 ATATAATTAAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAATTTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAATTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAATAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 2020976

HSP 3 Score: 326.131 bits (176), Expect = 9.876e-87
Identity = 209/225 (92.89%), Postives = 209/225 (92.89%), Query Frame = 1

Query:      801 ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:  2035138 ATT-AGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAG 2035361

HSP 4 Score: 320.591 bits (173), Expect = 4.595e-85
Identity = 257/296 (86.82%), Postives = 257/296 (86.82%), Query Frame = 1

Query:     1420 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATA 1715
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Sbjct:  2022991 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATA--A-TG-A--TG-T--TGGA-T--TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATA 2023274

HSP 5 Score: 305.817 bits (165), Expect = 1.287e-80
Identity = 237/270 (87.78%), Postives = 237/270 (87.78%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:  2029273 AGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAAAAGATGTTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTT----GAACAA-A----AA-AT--ATGTTAATATTAATAATCCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2029530

HSP 6 Score: 289.198 bits (156), Expect = 1.296e-75
Identity = 235/270 (87.04%), Postives = 235/270 (87.04%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAAT-A-A-AG--A---G-A-T-------TTTT-GAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 1418
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Sbjct:  2022123 GTGGGTAGATATGTGTAGAGGTTTTTTACAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATATACACCAACACTAGAAGAATATATTAAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCGGTTCTAATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATGCAAATTATAATCACACAGTTACAAGTAGTAAAGAGATTTTCGAATGCTTTGAACATGGTTATTATCCCGCCATAATTCGTCATAGTGCCATAATATTACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 2022392

HSP 7 Score: 278.118 bits (150), Expect = 2.805e-72
Identity = 234/273 (85.71%), Postives = 234/273 (85.71%), Query Frame = 1

Query:      125 AGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATT---ATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAG 394
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Sbjct:  2018107 AGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATATATTAATAT----G--A-TC--AATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAG 2018370

HSP 8 Score: 278.118 bits (150), Expect = 2.805e-72
Identity = 233/270 (86.30%), Postives = 233/270 (86.30%), Query Frame = 1

Query:     1167 GTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCA------T--T---C--A-AAT-A-ATA-A-TAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 1418
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Sbjct:  2036267 GTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATCATC 2036536

HSP 9 Score: 200.558 bits (108), Expect = 6.246e-49
Identity = 132/144 (91.67%), Postives = 132/144 (91.67%), Query Frame = 1

Query:     1024 AGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 1167
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Sbjct:  2021626 AGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACG 2021769

HSP 10 Score: 165.472 bits (89), Expect = 2.278e-38
Identity = 177/221 (80.09%), Postives = 177/221 (80.09%), Query Frame = 1

Query:      805 AGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAG 1025
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Sbjct:  2396996 AGGTGGTGGAGCCATACAAAACTTGGAGAGAAAATGGATTTCTTTAGAGATAGATTAATGGAGTGTTTCTTATGGACTGTGGGAATAGCATGTGAGCCAGAAAAAAGCTATTATAGAAGAATGTCTGGAAGATTATATGTTCTAATAACAACAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAATGCAGTTGAGAG 2396776


Match Name	Summary
NW_022060378.1	E-Value: 2.522e-147, PID: 99.04 Description: Cannabis sativa unplaced genomic scaffold, cs10 ctgX15, whole genome shotgun sequence [more]
NC_044374.1	E-Value: 3.286e-141, PID: 88.60 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030629489.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 3081.33 bits (1668), Expect = 0.000e+0
Identity = 1701/1717 (99.07%), Postives = 1701/1717 (99.07%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGATTGCATATCAGGCAAAATCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCATTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAG-AAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1716
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Sbjct:       66 ATGGATTGCATATCAGCCAAAAGCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGTTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1781

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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030629488.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 3066.56 bits (1660), Expect = 0.000e+0
Identity = 1701/1720 (98.90%), Postives = 1701/1720 (98.90%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGATTGCATATCAGGCAAAATCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCATTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCA---AGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAG-AAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1716
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Sbjct:       68 ATGGATTGCATATCAGCCAAAAGCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGCAGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTCCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGTTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTTCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1786

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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030629490.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X3, mRNA

HSP 1 Score: 2091.53 bits (1132), Expect = 0.000e+0
Identity = 1158/1170 (98.97%), Postives = 1158/1170 (98.97%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGATTGCATATCAGGCAAAATCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCATTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCA---AGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 1167
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Sbjct:       72 ATGGATTGCATATCAGCCAAAAGCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCGTTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTAAAAAAACTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGCAGAGACTTTTAATTATTTCAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAAAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAATAAATTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAAGTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACG 1241

HSP 2 Score: 527.415 bits (285), Expect = 1.881e-148
Identity = 294/298 (98.66%), Postives = 294/298 (98.66%), Query Frame = 1

Query:     1420 GAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAG-AAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1716
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Sbjct:     1242 GAGGAACT-AAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAAATATATGTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATAACAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATAG 1538

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BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645438.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716604), mRNA

HSP 1 Score: 2015.82 bits (1091), Expect = 0.000e+0
Identity = 1511/1709 (88.41%), Postives = 1511/1709 (88.41%), Query Frame = 1

Query:       32 ATAGTTCTGTTACTAATATTGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCATTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATT---ATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACAT-A--AGTGGTGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAA-TTGATGATTAATAATAATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAAT-A-A-AG--A---G-A-T-------TTTT-GAATGCTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCCCCTATA 1715
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Sbjct:      191 ATAGTTCTAATGCAATTATTGATCGACGATCTGCCAACTTTGAGCCCTCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAATCTCTTACAAGCCAATATAAGGAAGAATCTTATACAGGTCGAGTCAAAGAATTGGAGATAGATGTGAAAAAGATGTTAATTGAGATGGAAAATTCTTTAATTCAACTTGAACTCATTGACACATTGCAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGGATGAAATAAATACTATTTTGAAAGAAAAATAT------ATTAA---TATGATCAATAACCCTAATTATAATAATTTATATGTCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCATTTTAAGGACGAGATAGGAAAAATCAAAACGAACATGATTAGTGATGATATTATGGAAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAGAAGAAGTTAGAATTTTCACAACTCAATATCTAAAGAACTACATTATAATGATATCACAAGAAA-GAAAGTTAATGATTGATAATGATAATGATTATGATTATGATATCGAAATAGTGAATCACGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACTACAAGAACAGAAGCTAAGTGGTTCATCGACGCGTATGAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCTAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGACGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGGGAGAATTTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAAAATTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAATAACAACTGCCAAATTATTTGAGCTAATAACAGTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATATGGAAATGATAAATGAGTTACCAGAATATATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACCATTAATGAAATGGTATTTGAGGTATTAAGAGACCAACACATCTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGAGGTTTTTTACAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATATACACCAACACTAGAAGAATATATTAAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCGGTTCTAATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATGCAAATTATAATCACACAGTTACAAGTAGTAAAGAGATTTTCGAATGCTTTGAACATGGTTATTATCCCGCCATAATTCGTCATAGTGCCATAATATTACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCGGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTATATGCAAGAAAAAAAAGTATCTGAGGAGAAAGCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAATATGGAAAGAGATGAATA--A-TGA-T--G-T--TGGAT---TATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCTACAAATTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATGTATCAGCATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCTTATA 1877

[Close]

BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645439.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716605), mRNA

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Sbjct:      223 ATAGTTCTAATGCAATTATTGATCGACGATCTGCCAACTTTGAGCCCTCCATTTGGTCTTTTGATTATATTCAATCTCTTACAAGTCAATATAAGGGAGAACCTTATACAAGTCGAGTGAAAAAACTTGAGAGAGATGTGAAAAAGATGTTAGTTGAGATGGAAAACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGATACATTGCAAAGACTTGGAATATCTTACCGTTTTGAGAATGAAATAAATTCTATTTT----GAACAA-A----AA-A-T-ATGTTAATATTAATAATCCTAATTATAATTTATATGCCATTGCTCTTCAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGCTATGCAGTACCTCAAGAGATTTTTAATCAGTTGAAGGACGAGATAGAAAACATCAAAAAACACATAAATGGTAATGATATCATGGGAGTATTAGCCTTATACGAAGCTTCTTTTTATGAGAAAAAAGGCGAAAGTATTTTAAAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTAAATGTCTCAAAAACTACACTATAATGATATCAGAGCAAAAAAAGTTAATGATTGATAATGATTATGATTAT------GATATCGAAGTAGTGAATCATGCCTTAGAGCTCCCACTTCATCGGAGGACCACAAGAACAGAAGCAAAGTGGTTCATTGACGCATATG--C--GAAAAAACAAGACATGAATCCTATGTTGCTTGAGTTAGCCAAACTCGATTTCAACATAGTACAATCAACACATCATGAAGATCTAAAACATATATTCAGGTGGTGGAGACATACTAAACTTGGAGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTCTTATGGAATATTGGAATAAGATTTGAGTCAAAATTCAGCTATTTTAGAACAAAAACTGCCAAATTATTTGAGCTAGTAACATTTATAGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTGGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTGTTGAGAGATGGGATGTGAAAATGATAAATGAGTTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATCTTGTTTTACACAATACCATAAATGATATGGTATTTGAGGTGTTAAGAGACCAAGAAATTTCCATCAACATTCAATACCTTAAGAAAACGTGGGTCGATATGTGTAAAAGTTTCTTGCAAGAGGCAAAATGGTACTATAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTAGGAGCACCAGTTATTCTTGTGCATGCTTATTTTTTTCACGCAAATAATAATCGTACAATTACAAATACTAAAGAGATTTTCGAATGCTTGGAATATGGTTATTATCCTGCCATTATTCGTCACAGTGCCATAATATTACGATTTACAAATGACCTAGCAACATCATCGGAGGAATTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACATCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATGTATCTGAAGAGGAAGCTCGTGAACATGTTAAGTTTTTAATAAATGAAGCATGGAAGGAGATGAATA--A-TGA-T--G-T--TGGAT---TATATCCAATCTCATTGACTGAAGATGCTACAAACTTTGCTAAGATGGGATTTTTCATATATCAACATGGTGATGGTCATAGTTCTCAAGATAATCAATCCAAACAAAAAATTTCATCCTTGATTATTGAACCTATTCCCCTATA 1897

[Close]

BLAST of MN967470.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644559.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 808.106 bits (437), Expect = 0.000e+0
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Query:       56 GAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCATTCAGTCTCTT---TCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTAAAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAA-AG-GA-TGCTAGTTGAGATGGAA---AACTCTTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAATATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCTTGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTTTTAATTATTTTAAGGACGAG---ACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGT-G-G-TGATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAAAGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCAAAAACTAC--A-CAATAATGA-TATCAGAGCAAAAGAAA--TTGATGATTAAT-AATAATTATGATTATTATTACAATAT-TGA--ATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCTCCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATATGTACAAG-AAAAAA-CAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAACTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATATATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAAGAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAATAACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAGAGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATG-ATAAATGAATTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAATGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTCAATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAAGCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGAAAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATTTTTCTCATTCAAATAATAATA-AAGAGATTTT-TGAATG-CTTGGAACATGGTTATTATCCTACCATAATTCGTCA--CAGTGCCATAATAATACGACTTACAAATGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGTCAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGTGAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAGTGAATCTGATGAT--GGA-T-TAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGAGAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCACAGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAAACCTATTCC 1709
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XM_030629488.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 98.90 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030629490.1	E-Value: 1.881e-148, PID: 98.97 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115702029), transcript variant X3, mRNA [more]
XM_030645438.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 88.41 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716604), mRNA [more]
XM_030645439.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 87.95 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716605), mRNA [more]
XM_030644559.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 75.87 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115715884), transcript variant X1, mRNA [more]

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


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Cannabis sativa cultivar Afghan Kush terpene synthase 17 mRNA
complete cds

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, FN-clones109 (TMM50 minvalue)

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

NCBI Download

Sequences

Sequence	ATGGATTGCATATCAGGCAAAATCCCTAGTGATAGTTCTGTTACTAATAT TGTTCGAAGATCAGCCAACTTTGAACCATCCATTTGGTCTTTTGATTTCA TTCAGTCTCTTTCAAGCAAATATAAGGGAGAACCTTATATAAGTCGAGTA AAAAAGCTCGAGGAAGATGTGAAAAGGATGCTAGTTGAGATGGAAAACTC TTTAGCTCAACTTGAACTCATTGACACGTTACAAAGACTTGGAGTATCTT ATCGTTTTGAGAATGAAATAAATACTATTTTAAAAGAAAAATATGTCAAT ATTAATGGTAATATTAATAACCCTAATTATAATTTATATGCCACTGCTCT TGAATTTAGGCTTCTACGTCAACATGGTTATGCTGTACCTCAAGAGACTT TTAATTATTTTAAGGACGAGACAGGAAAATTCAAAACAAACATAAGTGGT GATATCATGGGAGTATTGGCCTTATATGAAGCTTCATTCTATGAGAAAAA AGGCGAAAGCATTTTAGAGGAAGCTAGAATTTTCACAACTGAACGTCTCA AAAACTACACAATAATGATATCAGAGCAAAAGAAATTGATGATTAATAAT AATTATGATTATTATTACAATATTGAATTAGTGAATCATGCTTTGGAGCT CCCACTTCATCGAAGGACCACAAGAATAGAAGCTAAGTGGTTCATCGATA TGTACAAGAAAAAACAAGACATGAATCCTATTTTGCTTGAGTTTGCCAAA CTCGATTTCAACATGATACAATCAACACATCATGAAGATTTGAAACATAT ATTCAGGTGGTGGAGGCATACTAAACTTGGTGAGAAATTGAATTTTGCAA GAGATCGATTGATGGAATGTTTTTTATGGAAAGTTGGAATAAGATTTGAG CCAAAATTCAGTTATTTTAGAACAACAACTGTCAAATTACTTGAGCTAAT AACATTAATTGATGATATATATGATGTTTATGGAACATTAGATGAATTAG AGCTTTTCACCAAAGCTATTGAGAGATGGGATGTGGAAATGATAAATGAA TTACCAGAATACATGAAGATGCCTTATATTGTTTTACACAATACAATAAA TGAAATGGTATTTGAGATATTAAGAGATCAACAAATCACCATCAAAATTC AATACTTAAAGAAAACGTGGGTAGATATGTGTAGATGTTTTCTACAAGAA GCAAAATGGTACTACAGTGGATACACACCAACATTGGAAGAATATATTGA AAATGGTTGGATTTCAGTGGGAGCACCAGTTCTTATTGTGCATGCTTATT TTTCTCATTCAAATAATAATAAAGAGATTTTTGAATGCTTGGAACATGGT TATTATCCTACCATAATTCGTCACAGTGCCATAATAATACGACTTACAAA TGACCTAGCAACATCATCTGAGGAACTGAAAAGAGGTGATGCTCCGACGT CAATTCAATGTTACATGCAAGAAAAAAATATATGTGAAGAGGAATCTCGT GAACATATTAAGTTTTTAATAAGTGAAGCGTGGAAGGAGATGAATATCAG TGAATCTGATGATGGATTAATATATCCAATCTCATTGATTGAAGATGCGA GAAACTTTGCTAGGATAGGATTATTCATGTATCAACATGGTGATGGTCAC AGTTCTCAGGATAATCTATCCAAAGAAAGAATTTCATCCTTTATTATTAA ACCTATTCCCCTATAG
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Sequence

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Summary

Resource Type	mRNA
Accession	MN967470.1
Organism	Cannabis sativa L.
Name	MN967470.1
Identifier	MN967470.1
Time Accessioned	Thursday, November 21, 2024 - 09:40
Time Last Modified	Thursday, November 21, 2024 - 09:40