TPS17 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 785.946 bits (425), Expect = 0.000e+0
Identity = 425/425 (100.00%), Postives = 425/425 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      561 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 985
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Sbjct:  3067242 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 3067666

HSP 2 Score: 551.422 bits (298), Expect = 1.685e-154
Identity = 298/298 (100.00%), Postives = 298/298 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1599 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1896
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Sbjct:  3071458 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 3071755

HSP 3 Score: 532.955 bits (288), Expect = 6.104e-149
Identity = 288/288 (100.00%), Postives = 288/288 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      275 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 562
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Sbjct:  3066040 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 3066327

HSP 4 Score: 507.102 bits (274), Expect = 3.700e-141
Identity = 276/277 (99.64%), Postives = 276/277 (99.64%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 277
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Sbjct:  3057854 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTCTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 3058130

HSP 5 Score: 481.249 bits (260), Expect = 2.242e-133
Identity = 260/260 (100.00%), Postives = 260/260 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1341 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1600
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Sbjct:  3070435 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 3070694

HSP 6 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.073e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      982 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1202
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Sbjct:  3067793 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 3068013

HSP 7 Score: 387.07 bits (209), Expect = 5.029e-105
Identity = 265/289 (91.70%), Postives = 265/289 (91.70%), Query Frame = 1

Query:        4 GCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTA--T-TACTT------CTATTTCAAAAC------CAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 277
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Sbjct:  3109326 GCTTTTCACCAATTTGCTTCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGTATTGATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAACCAAAACTAAAATCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 3109614

HSP 8 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.180e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1201 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1341
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Sbjct:  3068969 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 3069109


Match Name	Summary
CM010790.2	E-Value: 1.685e-154, PID: 100.00 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-60491_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 322.437 bits (174), Expect = 1.898e-86
Identity = 174/174 (100.00%), Postives = 174/174 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1599 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGT 1772
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Sbjct:      327 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGT 500

HSP 2 Score: 303.971 bits (164), Expect = 6.874e-81
Identity = 164/164 (100.00%), Postives = 164/164 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1039 ATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1202
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Sbjct:        1 ATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 164


Match Name	Summary
PKGMv1-60491_t	E-Value: 1.898e-86, PID: 100.00 Description: No definition line [more]

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
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BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 785.946 bits (425), Expect = 0.000e+0
Identity = 425/425 (100.00%), Postives = 425/425 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      561 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 985
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Sbjct:  2483289 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 2482865

HSP 2 Score: 785.946 bits (425), Expect = 0.000e+0
Identity = 425/425 (100.00%), Postives = 425/425 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      561 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 985
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Sbjct:  2521890 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 2521466

HSP 3 Score: 551.422 bits (298), Expect = 1.656e-154
Identity = 298/298 (100.00%), Postives = 298/298 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1599 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1896
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Sbjct:  2479067 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 2478770

HSP 4 Score: 551.422 bits (298), Expect = 1.656e-154
Identity = 298/298 (100.00%), Postives = 298/298 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1599 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1896
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Sbjct:  2517620 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 2517323

HSP 5 Score: 532.955 bits (288), Expect = 5.997e-149
Identity = 288/288 (100.00%), Postives = 288/288 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      275 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 562
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Sbjct:  2484488 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 2484201

HSP 6 Score: 527.415 bits (285), Expect = 2.790e-147
Identity = 287/288 (99.65%), Postives = 287/288 (99.65%), Query Frame = 1

Query:      275 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 562
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Sbjct:  2523118 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 2522831

HSP 7 Score: 507.102 bits (274), Expect = 3.635e-141
Identity = 276/277 (99.64%), Postives = 276/277 (99.64%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 277
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Sbjct:  2492677 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTCTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 2492401

HSP 8 Score: 499.716 bits (270), Expect = 6.082e-139
Identity = 275/277 (99.28%), Postives = 275/277 (99.28%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 277
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Sbjct:  2529622 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAAT-GTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCGATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 2529347

HSP 9 Score: 481.249 bits (260), Expect = 2.203e-133
Identity = 260/260 (100.00%), Postives = 260/260 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1341 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1600
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2480089 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 2479830

HSP 10 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.769e-130
Identity = 258/260 (99.23%), Postives = 258/260 (99.23%), Query Frame = 1

Query:     1341 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1600
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2518643 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 2518384

HSP 11 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.054e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      982 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1202
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Sbjct:  2482738 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 2482518

HSP 12 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.054e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      982 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1202
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Sbjct:  2521339 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 2521119

HSP 13 Score: 387.07 bits (209), Expect = 4.941e-105
Identity = 265/289 (91.70%), Postives = 265/289 (91.70%), Query Frame = 1

Query:        4 GCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTA--T-TACTT------CTATTTCAAAAC------CAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 277
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Sbjct:  2431293 GCTTTTCACCAATTTGCTTCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGTATTGATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAACCAAAACTAAAATCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG 2431005

HSP 14 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.124e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1201 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1341
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Sbjct:  2481562 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 2481422

HSP 15 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.124e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1201 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1341
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2520145 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 2520005


Match Name	Summary
NC_044374.1	E-Value: 1.656e-154, PID: 100.00 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

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BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: XM_030644766.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 3496.83 bits (1893), Expect = 0.000e+0
Identity = 1895/1896 (99.95%), Postives = 1895/1896 (99.95%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1896
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Sbjct:       67 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTCTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1962

[Close]

BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: XM_030645191.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA

HSP 1 Score: 3476.51 bits (1882), Expect = 0.000e+0
Identity = 1891/1896 (99.74%), Postives = 1891/1896 (99.74%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1896
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Sbjct:       77 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATNGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCGATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAA 1972

[Close]

BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: XM_030644767.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 2471.94 bits (1338), Expect = 0.000e+0
Identity = 1340/1341 (99.93%), Postives = 1340/1341 (99.93%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1341
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BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: XM_030644768.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X1, mRNA

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[Close]

BLAST of TPS17 vs. Genbank
Match Name: XM_030644769.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 889.359 bits (481), Expect = 0.000e+0
Identity = 1079/1359 (79.40%), Postives = 1079/1359 (79.40%), Query Frame = 1

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XM_030644767.1	E-Value: 9.538e-157, PID: 99.93 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA [more]
XM_030644768.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 78.40 Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030644769.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 79.40 Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X2, mRNA [more]

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


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TPS17

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, FN-clones109 (TMM50 minvalue)

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

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Sequence Length

1896

Sequence Checksum

ed0e60b1b9e1095dd092c7ee57901cbe

Summary

Resource Type	mRNA
Organism	Cannabis sativa L.
Name	TPS17
Identifier	TPS17
Time Accessioned	Tuesday, December 3, 2024 - 16:45
Time Last Modified	Tuesday, December 3, 2024 - 16:45