MK801765.1 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of MK801765.1 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 774.866 bits (419), Expect = 0.000e+0
Identity = 423/425 (99.53%), Postives = 423/425 (99.53%), Query Frame = 1

Query:      564 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAGAATATTTTGGAGGAAACAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 988
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Sbjct:  3067242 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 3067666

HSP 2 Score: 551.422 bits (298), Expect = 1.691e-154
Identity = 300/301 (99.67%), Postives = 300/301 (99.67%), Query Frame = 1

Query:     1602 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1902
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Sbjct:  3071458 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 3071758

HSP 3 Score: 505.256 bits (273), Expect = 1.335e-140
Identity = 283/288 (98.26%), Postives = 283/288 (98.26%), Query Frame = 1

Query:      278 AGGGAGAATCCTACACTAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 565
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Sbjct:  3066040 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 3066327

HSP 4 Score: 464.629 bits (251), Expect = 2.266e-128
Identity = 257/260 (98.85%), Postives = 257/260 (98.85%), Query Frame = 1

Query:     1344 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTAACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1603
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Sbjct:  3070435 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 3070694

HSP 5 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.077e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      985 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1205
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Sbjct:  3067793 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 3068013

HSP 6 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.190e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1204 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1344
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Sbjct:  3068969 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 3069109


Match Name	Summary
CM010790.2	E-Value: 1.691e-154, PID: 99.53 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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BLAST of MK801765.1 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-60491_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 316.897 bits (171), Expect = 8.858e-85
Identity = 173/174 (99.43%), Postives = 173/174 (99.43%), Query Frame = 1

Query:     1602 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGT 1775
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Sbjct:      327 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGT 500

HSP 2 Score: 303.971 bits (164), Expect = 6.896e-81
Identity = 164/164 (100.00%), Postives = 164/164 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1042 ATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1205
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Sbjct:        1 ATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 164


Match Name	Summary
PKGMv1-60491_t	E-Value: 8.858e-85, PID: 99.43 Description: No definition line [more]

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
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BLAST of MK801765.1 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 774.866 bits (419), Expect = 0.000e+0
Identity = 423/425 (99.53%), Postives = 423/425 (99.53%), Query Frame = 1

Query:      564 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAGAATATTTTGGAGGAAACAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 988
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Sbjct:  2483289 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 2482865

HSP 2 Score: 774.866 bits (419), Expect = 0.000e+0
Identity = 423/425 (99.53%), Postives = 423/425 (99.53%), Query Frame = 1

Query:      564 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAGAATATTTTGGAGGAAACAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 988
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Sbjct:  2521890 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 2521466

HSP 3 Score: 551.422 bits (298), Expect = 1.661e-154
Identity = 300/301 (99.67%), Postives = 300/301 (99.67%), Query Frame = 1

Query:     1602 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1902
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Sbjct:  2479067 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 2478767

HSP 4 Score: 551.422 bits (298), Expect = 1.661e-154
Identity = 300/301 (99.67%), Postives = 300/301 (99.67%), Query Frame = 1

Query:     1602 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1902
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Sbjct:  2517620 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 2517320

HSP 5 Score: 510.796 bits (276), Expect = 2.819e-142
Identity = 284/288 (98.61%), Postives = 284/288 (98.61%), Query Frame = 1

Query:      278 AGGGAGAATCCTACACTAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 565
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Sbjct:  2523118 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 2522831

HSP 6 Score: 505.256 bits (273), Expect = 1.312e-140
Identity = 283/288 (98.26%), Postives = 283/288 (98.26%), Query Frame = 1

Query:      278 AGGGAGAATCCTACACTAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 565
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Sbjct:  2484488 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 2484201

HSP 7 Score: 475.709 bits (257), Expect = 1.028e-131
Identity = 259/260 (99.62%), Postives = 259/260 (99.62%), Query Frame = 1

Query:     1344 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTAACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1603
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Sbjct:  2518643 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 2518384

HSP 8 Score: 464.629 bits (251), Expect = 2.226e-128
Identity = 257/260 (98.85%), Postives = 257/260 (98.85%), Query Frame = 1

Query:     1344 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTAACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1603
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Sbjct:  2480089 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 2479830

HSP 9 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.058e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      985 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1205
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Sbjct:  2482738 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 2482518

HSP 10 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.058e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      985 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 1205
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Sbjct:  2521339 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 2521119

HSP 11 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.135e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1204 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1344
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Sbjct:  2481562 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 2481422

HSP 12 Score: 261.498 bits (141), Expect = 3.135e-67
Identity = 141/141 (100.00%), Postives = 141/141 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1204 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1344
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2520145 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 2520005


Match Name	Summary
NC_044374.1	E-Value: 1.661e-154, PID: 99.53 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

Show Results Table

[Close]

BLAST of MK801765.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645191.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA

HSP 1 Score: 3077.64 bits (1666), Expect = 0.000e+0
Identity = 1735/1768 (98.13%), Postives = 1735/1768 (98.13%), Query Frame = 1

Query:      141 ATCAAGCACTTGCTATCCCATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTA-G-TT-CTACT-AT--TGTTCGAAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAATCTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTACACTAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAGAATATTTTGGAGGAAACAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTAACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1902
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Sbjct:      208 ATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCGATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1975

[Close]

BLAST of MK801765.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644766.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 3055.48 bits (1654), Expect = 0.000e+0
Identity = 1731/1768 (97.91%), Postives = 1731/1768 (97.91%), Query Frame = 1

Query:      141 ATCAAGCACTTGCTATCCCATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTA-G-TT-CTACT-AT--TGTTCGAAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAATCTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTACACTAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAGAATATTTTGGAGGAAACAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTAACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1902
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Sbjct:      198 ATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1965

[Close]

BLAST of MK801765.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644767.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 2047.21 bits (1108), Expect = 0.000e+0
Identity = 1177/1210 (97.27%), Postives = 1177/1210 (97.27%), Query Frame = 1

Query:      141 ATCAAGCACTTGCTATCCCATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTA-G-TT-CTACT-AT--TGTTCGAAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAATCTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTACACTAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAGAATATTTTGGAGGAAACAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1344
                |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||   |||  ||| | || ||| | ||  || ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:      198 ATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1407

HSP 2 Score: 555.115 bits (300), Expect = 9.569e-157
Identity = 302/303 (99.67%), Postives = 302/303 (99.67%), Query Frame = 1

Query:     1600 TCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACAGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1902
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Sbjct:     1405 TCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1707


Match Name	Summary
XM_030645191.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 98.13 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA [more]
XM_030644766.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 97.91 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030644767.1	E-Value: 9.569e-157, PID: 97.27 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA [more]

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..21
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 22..41
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 42..54
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 20..39
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 31..43
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..30
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 7..29
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..26
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 27..58
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 5..27
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 57..87
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE_H_REGION	Signal peptide H-region	coord: 5..16
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 22..36
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE	Signal Peptide	coord: 1..21
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 37..56
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE_C_REGION	Signal peptide C-region	coord: 17..21
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE_N_REGION	Signal peptide N-region	coord: 1..4
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 37..56
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 5..27
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..31
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 32..50
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..14
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 15..36
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 37..42
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 15..37
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 240..260
None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225:SF9		coord: 69..630
None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225	FAMILY NOT NAMED	coord: 69..630
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 477..495
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 496..633
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..476
IPR005630	Terpene synthase, metal-binding domain	PFAM	PF03936	Terpene_synth_C	coord: 307..574 e-value: 1.5E-94 score: 316.3
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	GENE3D	1.10.600.10		coord: 79..614 e-value: 3.8E-196 score: 654.4
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	SUPERFAMILY	48576	Terpenoid synthases	coord: 301..629
IPR036965	Terpene synthase, N-terminal domain superfamily	GENE3D	1.50.10.130		coord: 116..300 e-value: 3.8E-196 score: 654.4
IPR001906	Terpene synthase, N-terminal domain	PFAM	PF01397	Terpene_synth	coord: 80..250 e-value: 1.8E-48 score: 164.8
IPR008930	Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid	SUPERFAMILY	48239	Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases	coord: 77..300

Cannabis sativa isolate CsTPS15CT beta-myrcene synthase mRNA
complete cds

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, FN-clones109 (TMM50 minvalue)

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

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1902

Sequence Checksum

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Summary

Resource Type	mRNA
Accession	MK801765.1
Organism	Cannabis sativa L.
Name	MK801765.1
Identifier	MK801765.1
Time Accessioned	Saturday, April 20, 2024 - 00:10
Time Last Modified	Saturday, April 20, 2024 - 00:10