KY014561.1 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of KY014561.1 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 769.327 bits (416), Expect = 0.000e+0
Identity = 422/425 (99.29%), Postives = 422/425 (99.29%), Query Frame = 1

Query:      552 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 976
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Sbjct:  3067242 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 3067666

HSP 2 Score: 556.962 bits (301), Expect = 3.610e-156
Identity = 301/301 (100.00%), Postives = 301/301 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1590 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1890
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Sbjct:  3071458 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 3071758

HSP 3 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.838e-130
Identity = 258/260 (99.23%), Postives = 258/260 (99.23%), Query Frame = 1

Query:     1332 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1591
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Sbjct:  3070435 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 3070694

HSP 4 Score: 451.703 bits (244), Expect = 1.753e-124
Identity = 274/288 (95.14%), Postives = 274/288 (95.14%), Query Frame = 1

Query:      269 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAATTATATTAACAATAA---TATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 553
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Sbjct:  3066040 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 3066327

HSP 5 Score: 392.61 bits (212), Expect = 1.077e-106
Identity = 218/221 (98.64%), Postives = 218/221 (98.64%), Query Frame = 1

Query:      973 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAG 1193
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Sbjct:  3067793 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 3068013

HSP 6 Score: 255.958 bits (138), Expect = 1.475e-65
Identity = 140/141 (99.29%), Postives = 140/141 (99.29%), Query Frame = 1

Query:     1192 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1332
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Sbjct:  3068969 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 3069109


Match Name	Summary
CM010790.2	E-Value: 3.610e-156, PID: 99.29 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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BLAST of KY014561.1 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-60491_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 322.437 bits (174), Expect = 1.892e-86
Identity = 174/174 (100.00%), Postives = 174/174 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1590 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGT 1763
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Sbjct:      327 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGT 500

HSP 2 Score: 287.351 bits (155), Expect = 6.900e-76
Identity = 161/164 (98.17%), Postives = 161/164 (98.17%), Query Frame = 1

Query:     1030 ATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAG 1193
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Sbjct:        1 ATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 164


Match Name	Summary
PKGMv1-60491_t	E-Value: 1.892e-86, PID: 100.00 Description: No definition line [more]

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
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BLAST of KY014561.1 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 769.327 bits (416), Expect = 0.000e+0
Identity = 422/425 (99.29%), Postives = 422/425 (99.29%), Query Frame = 1

Query:      552 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 976
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Sbjct:  2483289 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 2482865

HSP 2 Score: 769.327 bits (416), Expect = 0.000e+0
Identity = 422/425 (99.29%), Postives = 422/425 (99.29%), Query Frame = 1

Query:      552 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 976
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Sbjct:  2521890 AGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGT 2521466

HSP 3 Score: 556.962 bits (301), Expect = 3.547e-156
Identity = 301/301 (100.00%), Postives = 301/301 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1590 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1890
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Sbjct:  2479067 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 2478767

HSP 4 Score: 556.962 bits (301), Expect = 3.547e-156
Identity = 301/301 (100.00%), Postives = 301/301 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1590 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1890
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Sbjct:  2517620 GGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 2517320

HSP 5 Score: 481.249 bits (260), Expect = 2.196e-133
Identity = 260/260 (100.00%), Postives = 260/260 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1332 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1591
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Sbjct:  2518643 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 2518384

HSP 6 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.754e-130
Identity = 258/260 (99.23%), Postives = 258/260 (99.23%), Query Frame = 1

Query:     1332 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 1591
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Sbjct:  2480089 GTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGG 2479830

HSP 7 Score: 457.243 bits (247), Expect = 3.701e-126
Identity = 275/288 (95.49%), Postives = 275/288 (95.49%), Query Frame = 1

Query:      269 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAATTATATTAACAATAATATTATTA---CTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 553
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Sbjct:  2523118 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 2522831

HSP 8 Score: 451.703 bits (244), Expect = 1.722e-124
Identity = 274/288 (95.14%), Postives = 274/288 (95.14%), Query Frame = 1

Query:      269 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAATTATATTAACAATAATATTATTA---CTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 553
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Sbjct:  2484488 AGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAG 2484201

HSP 9 Score: 392.61 bits (212), Expect = 1.059e-106
Identity = 218/221 (98.64%), Postives = 218/221 (98.64%), Query Frame = 1

Query:      973 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAG 1193
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Sbjct:  2482738 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 2482518

HSP 10 Score: 392.61 bits (212), Expect = 1.059e-106
Identity = 218/221 (98.64%), Postives = 218/221 (98.64%), Query Frame = 1

Query:      973 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAG 1193
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Sbjct:  2521339 AGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAG 2521119

HSP 11 Score: 255.958 bits (138), Expect = 1.449e-65
Identity = 140/141 (99.29%), Postives = 140/141 (99.29%), Query Frame = 1

Query:     1192 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1332
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Sbjct:  2481562 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 2481422

HSP 12 Score: 255.958 bits (138), Expect = 1.449e-65
Identity = 140/141 (99.29%), Postives = 140/141 (99.29%), Query Frame = 1

Query:     1192 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1332
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2520145 AGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 2520005


Match Name	Summary
NC_044374.1	E-Value: 3.547e-156, PID: 99.29 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

Show Results Table

[Close]

BLAST of KY014561.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645191.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA

HSP 1 Score: 3007.47 bits (1628), Expect = 0.000e+0
Identity = 1723/1768 (97.45%), Postives = 1723/1768 (97.45%), Query Frame = 1

Query:      132 ATCAAGCACTTGCTATCCCATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTA-G-TT-CTACT-AT--TGTTCGAAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAATCTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAATTATATTAACAATAA---TATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1890
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Sbjct:      208 ATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCGATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1975

[Close]

BLAST of KY014561.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644766.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 2985.31 bits (1616), Expect = 0.000e+0
Identity = 1719/1768 (97.23%), Postives = 1719/1768 (97.23%), Query Frame = 1

Query:      132 ATCAAGCACTTGCTATCCCATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTA-G-TT-CTACT-AT--TGTTCGAAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAATCTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAATTATATTAACAATAA---TATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1890
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Sbjct:      198 ATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGTTTGCAATTGCAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATGCTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1965

[Close]

BLAST of KY014561.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644767.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 1965.96 bits (1064), Expect = 0.000e+0
Identity = 1163/1210 (96.12%), Postives = 1163/1210 (96.12%), Query Frame = 1

Query:      132 ATCAAGCACTTGCTATCCCATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTA-G-TT-CTACT-AT--TGTTCGAAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAATCTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTTAGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAATTATATTAACAATAA---TATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1332
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Sbjct:      198 ATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGGTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAGAGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCG 1407

HSP 2 Score: 560.655 bits (303), Expect = 2.046e-158
Identity = 303/303 (100.00%), Postives = 303/303 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1588 TCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1890
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Sbjct:     1405 TCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA 1707


Match Name	Summary
XM_030645191.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 97.45 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA [more]
XM_030644766.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 97.23 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030644767.1	E-Value: 2.046e-158, PID: 96.12 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA [more]

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..14
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 15..36
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 37..42
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 15..37
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 91..111
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 236..256
None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225:SF9		coord: 66..626
None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225	FAMILY NOT NAMED	coord: 66..626
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 473..491
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..472
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 492..629
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 33..57
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..32
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 5..27
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..31
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 32..50
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 7..29
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 57..87
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE_H_REGION	Signal peptide H-region	coord: 5..16
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 22..36
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE	Signal Peptide	coord: 1..21
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 37..56
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE_C_REGION	Signal peptide C-region	coord: 17..21
None	No IPR available	PHOBIUS	SIGNAL_PEPTIDE_N_REGION	Signal peptide N-region	coord: 1..4
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 37..56
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 5..27
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..29
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 30..42
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 7..29
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..21
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 22..41
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 42..54
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 20..39
None	No IPR available	PHOBIUS	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN	Non cytoplasmic domain	coord: 1..5
None	No IPR available	PHOBIUS	TRANSMEMBRANE	Transmembrane region	coord: 6..28
None	No IPR available	PHOBIUS	CYTOPLASMIC_DOMAIN	Cytoplasmic domain	coord: 29..49
None	No IPR available	TMHMM	TMhelix		coord: 6..28
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	GENE3D	1.10.600.10		coord: 76..610 e-value: 5.5E-198 score: 660.4
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	SUPERFAMILY	48576	Terpenoid synthases	coord: 297..625
IPR001906	Terpene synthase, N-terminal domain	PFAM	PF01397	Terpene_synth	coord: 77..245 e-value: 2.2E-49 score: 167.8
IPR036965	Terpene synthase, N-terminal domain superfamily	GENE3D	1.50.10.130		coord: 113..296 e-value: 5.5E-198 score: 660.4
IPR005630	Terpene synthase, metal-binding domain	PFAM	PF03936	Terpene_synth_C	coord: 303..570 e-value: 7.7E-94 score: 314.0
IPR008930	Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid	SUPERFAMILY	48239	Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases	coord: 74..296

Cannabis sativa isolate Finola_TPS3 terpene synthase mRNA
complete cds

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, FN-clones109 (TMM50 minvalue)

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

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Sequences

Sequence	ATGGCTGTTCACCAATTTTCTCCATCAATAGTATCATCACTACCTACCAT TAGTACTTATAATAATAATCACTTTTGTAGATTTTTCACACCAAAAACAT CTATTAGTCCTATTTCAAAAACAAAATCAAAATCAAGCACTTGCTATCCC ATCCAATGTACTGTGGTCAATAATAGTAGCCCTAGTTCTACTATTGTTCG AAGATCGGCCAATTATGAACCTCCGATTTGGTCTTTCGATTACATTCAAT CTCTTTCAACCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAG TTAAAGAAAGAAGTGAAAAGGATGCTCCTTCGAATGGAGATTAACTCTTT AGCCCTACTCGAGCTAATCGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACC ATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACAATGATAAT TATATTAACAATAATATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGC CACTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTC AAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGATAAGAGAGGGAAATTTAAAACATCC TTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTA TGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTA AATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATAGAGAATGAGGAAGAGAAAAAA ATATTATTATTAAATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAA TCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTA GGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACT TTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCA AGAAGATTTACAACATTTATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTG GGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAGGCTTTCTTATGGGAT GTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAACAAATGC AAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATG GAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGCGCTGTTGAAAGATGGGAT GTGAAATTAATCAATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGT TTTACACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTAGAACAAA ACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAA TGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATT GGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTC TTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTG AAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCATG CTTGATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGA ATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAAT GCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAAC ATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATGAAGATGAGAGTTGTTTATCAGAAA ATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATAT GAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTAT TTCAACCTTGATTATTACTCCAATTAATATTCCTAAATAA
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Summary

Resource Type	mRNA
Accession	KY014561.1
Organism	Cannabis sativa L.
Name	KY014561.1
Identifier	KY014561.1
Time Accessioned	Tuesday, December 3, 2024 - 16:41
Time Last Modified	Tuesday, December 3, 2024 - 16:41