KY014557.1 | ICGRC

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This record has the following annotations.
Term	Name	Definition
GO:0000287	magnesium ion binding	Interacting selectively and non-covalently with magnesium (Mg) ions. [GOC:ai]
GO:0016829	lyase activity
GO:0010333	terpene synthase activity	Catalysis of the formation of cyclic terpenes through the cyclization of linear terpenes (e.g. isopentenyl-PP, geranyl-PP, farnesyl-PP and geranylgeranyl-PP) containing varying numbers of isoprene units. [EC:4.2.3.-, GOC:tair_curators]
INTERPRO:IPR008930	Terpenoid_cyclase/PrenylTrfase
INTERPRO:IPR008949	Isoprenoid_synthase_dom_sf
INTERPRO:IPR005630	Terpene_synthase_metal-bd
INTERPRO:IPR001906	Terpene_synth_N
INTERPRO:IPR036965	Terpene_synth_N_sf

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blastn of TPS CDS against pkv5 genome

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 genome
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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: CM010790.2
Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 708.387 bits (383), Expect = 0.000e+0
Identity = 395/401 (98.50%), Postives = 395/401 (98.50%), Query Frame = 1

Query:      570 AGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 970
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Sbjct:  3111481 AGAAATTTTCAATAATTTTAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGCTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAAGTACTCTCTAGGT 3111881

HSP 2 Score: 566.195 bits (306), Expect = 5.950e-159
Identity = 383/417 (91.85%), Postives = 383/417 (91.85%), Query Frame = 1

Query:      570 AGAAATTTTCAATAA-TTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGT--CAAGTAGT-A-A-TAATAATAAT---ATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCA---CTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGT---TT-ATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 970
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Sbjct:  3045714 AGAAATTTTCAATAATTTTTAAGGATGATGAGAGTGGAGAGATCGAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAGATTAATGTGTCAAGTAGTAATAGTAATAATAATAACATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACAGCTTCAATGGAGAATC-CTTGATAAGAAGCTAAATGGTCTATTAATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 3046129

HSP 3 Score: 529.262 bits (286), Expect = 7.807e-148
Identity = 294/298 (98.66%), Postives = 294/298 (98.66%), Query Frame = 1

Query:     1578 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1875
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Sbjct:  3114430 GGATGAACTGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATGTATCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 3114727

HSP 4 Score: 473.863 bits (256), Expect = 3.710e-131
Identity = 266/270 (98.52%), Postives = 266/270 (98.52%), Query Frame = 1

Query:      305 AGGGTGAATCATATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCC---TAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 571
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Sbjct:  3110595 AGGGTGAATCTTATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCTATTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 3110864

HSP 5 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.799e-130
Identity = 254/254 (100.00%), Postives = 254/254 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1326 GATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGG 1579
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Sbjct:  3114082 GATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGG 3114335

HSP 6 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.061e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      967 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAG 1187
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Sbjct:  3112841 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAG 3113061

HSP 7 Score: 387.07 bits (209), Expect = 4.972e-105
Identity = 354/421 (84.09%), Postives = 354/421 (84.09%), Query Frame = 1

Query:      570 AGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAA-AGTAT-TTTGGATGAA-GC-AA-GAAT-TTTC-A-CAACAA-AATGTCTCAAAA-AATA-CAAAT--TAAT-GTCA-AGTAGTAATAATAATA-ATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGT-T-T--ATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 970
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Sbjct:  3100321 AGAAATTTTCAATAATTTTAAGGATGATGAGAGTGGAGAGATCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCAT-GGAGAATTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTGTCAAGTAGTAATAAT-AATAATAATAATATAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATATATGACATTAATATCATTATTGGCGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTCTATTAATTGAAAAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTCGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGAAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 3100739

HSP 8 Score: 381.53 bits (206), Expect = 2.313e-103
Identity = 278/310 (89.68%), Postives = 278/310 (89.68%), Query Frame = 1

Query:        4 GCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAAT 313
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Sbjct:  3109326 GCTTTTCACCAATTTGCTTCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGTATTGATAATCGTTTTACACCAAAAACTTC---TATTACTTCTATTTCAAAACCAAAACCAAAACTAAAATCAAA------ATC---A---AACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG-TGAAT 3109619

HSP 9 Score: 329.824 bits (178), Expect = 8.499e-88
Identity = 255/293 (87.03%), Postives = 255/293 (87.03%), Query Frame = 1

Query:     1578 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTT-AGGGTTGATTATTACTCCTATCCCC 1869
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Sbjct:  3117943 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTACATCAATTCAATGTTACATGCATGATACTGGTATTTCTGAAGACGAAGCTCGTGAGCACATCAAGCATTTGATAAGCGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAAATGGAGATCATAATTCTTCTTTCTCGAAAGAATTTGTTCATGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTTATTTACCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAAAATACTCTATCAAAAGATCGTATTTTTAAAATT-ATTATTAATCCTTTCCCC 3118234

HSP 10 Score: 322.437 bits (174), Expect = 1.422e-85
Identity = 272/313 (86.90%), Postives = 272/313 (86.90%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAAT 313
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Sbjct:  3057854 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTCTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAA------------CTTG--A---A-ATC------GAGATC--G----AGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG-TGAAT 3058135

HSP 11 Score: 320.591 bits (173), Expect = 5.115e-85
Identity = 205/221 (92.76%), Postives = 205/221 (92.76%), Query Frame = 1

Query:      967 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAG 1187
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Sbjct:  3116400 AGGTGGTGGAAGCATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGATGGAGTGTTTCATGTGGCAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAGAATTCAGTTACTTTAGAATAATTGCTACACAAATCTATGTTCTAATCACAATAATTGATGATATGCATGACATATATGCAACTTTGGAGGAACTACAACTTTTCGCTAATGCTCTTCAAAG 3116620

HSP 12 Score: 272.578 bits (147), Expect = 1.453e-70
Identity = 174/186 (93.55%), Postives = 174/186 (93.55%), Query Frame = 1

Query:      316 TATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGA--TGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATC 499
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Sbjct:  3099165 TATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGACATG-GAAAA-GATGCTAATTGGAGAGGAAAACTCTTTAGCTCAATTTGAGCTAATTGATACAATACAAAGACTTGAAATATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATTATTT-TATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATC 3099347

HSP 13 Score: 268.884 bits (145), Expect = 1.879e-69
Identity = 174/187 (93.05%), Postives = 174/187 (93.05%), Query Frame = 1

Query:      317 ATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGA--TGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCT 501
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Sbjct:  3044595 ATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGACATG-GAAAA-GATGCTAATTGGAGAGG-AAACTCTTTAGCTCAATTTGAGCTAATTGATACAATACAAAGACTTGAAATATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATTATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAA-CCT 3044777

HSP 14 Score: 255.958 bits (138), Expect = 1.463e-65
Identity = 140/141 (99.29%), Postives = 140/141 (99.29%), Query Frame = 1

Query:     1186 AGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTG 1326
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Sbjct:  3113478 AGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGACAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTG 3113618

HSP 15 Score: 126.692 bits (68), Expect = 1.197e-26
Identity = 80/86 (93.02%), Postives = 80/86 (93.02%), Query Frame = 1

Query:      486 TAACAACCCTAATCCTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 571
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Sbjct:  3044801 TAACAACCCTAACCTTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCAAATTTAGGTTTCTTCGCCAATATGGGTTTGAAGTACCTCAAG 3044886

HSP 16 Score: 126.692 bits (68), Expect = 1.197e-26
Identity = 80/86 (93.02%), Postives = 80/86 (93.02%), Query Frame = 1

Query:      486 TAACAACCCTAATCCTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 571
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Sbjct:  3099403 TAACAACCCTAACCTTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCAAATTTAGGTTTCTTCGCCAATATGGGTTTGAAGTACCTCAAG 3099488

HSP 17 Score: 102.686 bits (55), Expect = 2.017e-19
Identity = 63/66 (95.45%), Postives = 63/66 (95.45%), Query Frame = 1

Query:      706 AGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAA--TGTCAAGTAGTAATAATAATAATA 769
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Sbjct:  3100426 AGAA-TTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTGTCAAGTAGTAATAATAATAATA 3100490

HSP 18 Score: 63.9064 bits (34), Expect = 9.517e-8
Identity = 40/43 (93.02%), Postives = 40/43 (93.02%), Query Frame = 1

Query:      156 ATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATT 198
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Sbjct:  3044240 ATCAAAATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTAAGGTGATT 3044282

HSP 19 Score: 58.3664 bits (31), Expect = 4.428e-6
Identity = 33/34 (97.06%), Postives = 33/34 (97.06%), Query Frame = 1

Query:      156 ATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGT 189
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Sbjct:  3098815 ATCAAAATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGT 3098848


Match Name	Summary
CM010790.2	E-Value: 5.950e-159, PID: 98.50 Description: Cannabis sativa cultivar Purple Kush chromosome 1, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

Performed on: 2020-09-04
Details: blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA
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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-60500_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 992.771 bits (537), Expect = 0.000e+0
Identity = 545/549 (99.27%), Postives = 545/549 (99.27%), Query Frame = 1

Query:     1327 ATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1875
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Sbjct:        1 ATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAACTGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATGTATCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 549

[Close]

BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: PKGMv1-60501_t
Description: No definition line

HSP 1 Score: 470.169 bits (254), Expect = 6.332e-131
Identity = 377/438 (86.07%), Postives = 377/438 (86.07%), Query Frame = 1

Query:     1339 TGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAA-GAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGC 1775
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Sbjct:       19 TGTAAACATCAATTGCAAGAGGCAAAATGGTTCTATAGTGGATACCAACCAACATTGCAAGAATATACTGAAAATGCTTGGATTTCAGTAGGAGGACCAGCTTTTCTTATGCATGCTTATTTCTGTTTTACCAAT-CTCATAACAAATGAAGAAGTGGAATGTCTTAAAGAGGGTTATCCCAATATTGTTCGACATGGATCCCTAATATTACGACTTGCGGATGATCTAGGAACATGTTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTACATCAATTCAATGTTACATGCATGATACTGGTATTTCTGAAGACGAAGCTCGTGAGCACATCAAGCATTTGATAAGCGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAAATGGAGATCATAATTCTTCTTTCTCGAAAGAATTTGTTCATGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGC 455


Match Name	Summary
PKGMv1-60500_t	E-Value: 0.000e+0, PID: 99.27 Description: No definition line [more]
PKGMv1-60501_t	E-Value: 6.332e-131, PID: 86.07 Description: No definition line [more]

blastn of TPS CDS against cs10 genome

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 genome
Display provided by the neXtProt Feature Viewer

Show Results Table

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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: NC_044374.1
Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence

HSP 1 Score: 708.387 bits (383), Expect = 0.000e+0
Identity = 395/401 (98.50%), Postives = 395/401 (98.50%), Query Frame = 1

Query:      570 AGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 970
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Sbjct:  2429137 AGAAATTTTCAATAATTTTAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGCTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAAGTACTCTCTAGGT 2428737

HSP 2 Score: 571.735 bits (309), Expect = 1.257e-160
Identity = 384/417 (92.09%), Postives = 384/417 (92.09%), Query Frame = 1

Query:      570 AGAAATTTTCAATAATTT-CAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGT--CAAGTAGT-A-A-TAATAATAAT---ATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCAC---TTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGT---TT-ATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 970
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Sbjct:  2541692 AGAAATTTTCAATAATTTTTAAGGATGATGAGAGTGGAGAGATCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAGATTAATGTGTCAAGTAGTAATAGTAATAATAATAACATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACAGCTTCAATGGAGAATC-CTTGATAAGAAGCTAAATGGTCTATTAATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 2541277

HSP 3 Score: 529.262 bits (286), Expect = 7.670e-148
Identity = 294/298 (98.66%), Postives = 294/298 (98.66%), Query Frame = 1

Query:     1578 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1875
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Sbjct:  2426184 GGATGAACTGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATGTATCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 2425887

HSP 4 Score: 473.863 bits (256), Expect = 3.645e-131
Identity = 266/270 (98.52%), Postives = 266/270 (98.52%), Query Frame = 1

Query:      305 AGGGTGAATCATATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCTA---ATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 571
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Sbjct:  2430024 AGGGTGAATCTTATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCTATTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 2429755

HSP 5 Score: 470.169 bits (254), Expect = 4.715e-130
Identity = 254/254 (100.00%), Postives = 254/254 (100.00%), Query Frame = 1

Query:     1326 GATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGG 1579
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Sbjct:  2426535 GATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGG 2426282

HSP 6 Score: 409.23 bits (221), Expect = 1.043e-111
Identity = 221/221 (100.00%), Postives = 221/221 (100.00%), Query Frame = 1

Query:      967 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAG 1187
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Sbjct:  2427777 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAG 2427557

HSP 7 Score: 381.53 bits (206), Expect = 2.273e-103
Identity = 278/310 (89.68%), Postives = 278/310 (89.68%), Query Frame = 1

Query:        4 GCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAAT 313
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Sbjct:  2431293 GCTTTTCACCAATTTGCTTCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGTATTGATAATCGTTTTACACCAAAAACTTCTATTA---CTTCTATTTCAAAACCAAAACCAAAACTAAAATCAAA------ATC---A---AACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG-TGAAT 2431000

HSP 8 Score: 351.984 bits (190), Expect = 1.782e-94
Identity = 210/219 (95.89%), Postives = 210/219 (95.89%), Query Frame = 1

Query:      756 TAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGT-T-T--ATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 970
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Sbjct:  2440108 TAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTGGCGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTCTATTAATTGAAAAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTCGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGAAGCTCAAATTACTCTCTAGGT 2439890

HSP 9 Score: 329.824 bits (178), Expect = 8.350e-88
Identity = 255/293 (87.03%), Postives = 255/293 (87.03%), Query Frame = 1

Query:     1578 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTT-AGGGTTGATTATTACTCCTATCCCC 1869
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Sbjct:  2422654 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTACATCAATTCAATGTTACATGCATGATACTGGTATTTCTGAAGACGAAGCTCGTGAGCACATCAAGCATTTGATAAGCGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAAATGGAGATCATAATTCTTCTTTCTCGAAAGAATTTGTTCATGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTTATTTACCAATATGGAGATGGACATGCTTCTCAAAATACTCTATCAAAAGATCGTATTTTTAAAATT-ATTATTAATCCTTTCCCC 2422363

HSP 10 Score: 322.437 bits (174), Expect = 1.397e-85
Identity = 272/313 (86.90%), Postives = 272/313 (86.90%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAAT 313
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Sbjct:  2492677 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATCGTCTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAA------------CTTGAAATCGAGATCGA------------------GATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG-TGAAT 2492396

HSP 11 Score: 320.591 bits (173), Expect = 5.025e-85
Identity = 205/221 (92.76%), Postives = 205/221 (92.76%), Query Frame = 1

Query:      967 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAG 1187
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Sbjct:  2424197 AGGTGGTGGAAGCATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGATGGAGTGTTTCATGTGGCAAGTTGGAATAAGATTTGAGCCAGAATTCAGTTACTTTAGAATAATTGCTACACAAATCTATGTTCTAATCACAATAATTGATGATATGCATGACATATATGCAACTTTGGAGGAACTACAACTTTTCGCTAATGCTCTTCAAAG 2423977

HSP 12 Score: 316.897 bits (171), Expect = 6.501e-84
Identity = 271/313 (86.58%), Postives = 271/313 (86.58%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAAT 313
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Sbjct:  2529622 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAAT-GTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAA------------CTTGAAATCGAGATCGA------------------GATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCGATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGG-TGAAT 2529342

HSP 13 Score: 289.198 bits (156), Expect = 1.417e-75
Identity = 187/202 (92.57%), Postives = 187/202 (92.57%), Query Frame = 1

Query:      570 AGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGT--CAAGTAGTAATAATAATAATA 769
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Sbjct:  2440341 AGAAATTTTCAATAATTTTAAGGATGATGAGAGTGGAGAGATCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAAATTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTGTCAAGTAGTAATAATAATAATA 2440140

HSP 14 Score: 274.424 bits (148), Expect = 3.968e-71
Identity = 174/186 (93.55%), Postives = 174/186 (93.55%), Query Frame = 1

Query:      316 TATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGA--TGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATC 499
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Sbjct:  2441503 TATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGACATG-GAAAA-GATGCTAATTGGAGAGGAAAACTCTTTAGCTCAATTTGAGCTAATTGATACAATACAAAGACTTGAAATATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATTATTTTTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATC 2441320

HSP 15 Score: 268.884 bits (145), Expect = 1.846e-69
Identity = 174/187 (93.05%), Postives = 174/187 (93.05%), Query Frame = 1

Query:      317 ATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGA--TGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCT 501
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Sbjct:  2542815 ATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGACATG-GAAAA-GATGCTAATTGGAGAGGAAA-CTCTTTAGCTCAATTTGAGCTAATTGATACAATACAAAGACTTGAAATATCTTATCGTTTTGAGAATGAAATTATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAA-CCT 2542633

HSP 16 Score: 255.958 bits (138), Expect = 1.437e-65
Identity = 140/141 (99.29%), Postives = 140/141 (99.29%), Query Frame = 1

Query:     1186 AGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTG 1326
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2427139 AGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGACAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTG 2426999

HSP 17 Score: 126.692 bits (68), Expect = 1.176e-26
Identity = 80/86 (93.02%), Postives = 80/86 (93.02%), Query Frame = 1

Query:      486 TAACAACCCTAATCCTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 571
                |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct:  2441263 TAACAACCCTAACCTTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCAAATTTAGGTTTCTTCGCCAATATGGGTTTGAAGTACCTCAAG 2441178

HSP 18 Score: 126.692 bits (68), Expect = 1.176e-26
Identity = 80/86 (93.02%), Postives = 80/86 (93.02%), Query Frame = 1

Query:      486 TAACAACCCTAATCCTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAG 571
                |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct:  2542608 TAACAACCCTAACCTTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCAAATTTAGGTTTCTTCGCCAATATGGGTTTGAAGTACCTCAAG 2542523

HSP 19 Score: 91.6061 bits (49), Expect = 4.289e-16
Identity = 95/118 (80.51%), Postives = 95/118 (80.51%), Query Frame = 1

Query:     1578 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAG 1695
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Sbjct:  1318315 GGATGAATTGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATCCAATGCAAAATGTATGAAGATGGTATATCTGAAGAGGAAGCTCGTCAACGTATTAAGTTATTAATAAGTGAAACATGGAAG 1318432

HSP 20 Score: 63.9064 bits (34), Expect = 9.350e-8
Identity = 40/43 (93.02%), Postives = 40/43 (93.02%), Query Frame = 1

Query:      156 ATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATT 198
                ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
Sbjct:  2543170 ATCAAAATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTAAGGTGATT 2543128

HSP 21 Score: 58.3664 bits (31), Expect = 4.350e-6
Identity = 33/34 (97.06%), Postives = 33/34 (97.06%), Query Frame = 1

Query:      156 ATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGT 189
                ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct:  2441853 ATCAAAATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGT 2441820


Match Name	Summary
NC_044374.1	E-Value: 1.257e-160, PID: 98.50 Description: Cannabis sativa chromosome 5, cs10, whole genome shotgun sequence [more]

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

Performed on: 2020-09-05
Details: blastn of TPS CDS against cs10 mRNA
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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644768.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 3192.13 bits (1728), Expect = 0.000e+0
Identity = 1829/1875 (97.55%), Postives = 1829/1875 (97.55%), Query Frame = 1

Query:        4 GCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAATCATATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCC---TAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTGATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1875
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Sbjct:       78 GCTTTTCACCAATTTGCTTCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGTATTGATAATCGTTTTACACCAAAAACTTC---TATTACTTCTATTTCAAAACCAAAACCAAAACTAAAATCAAA------ATC---A---AACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAATCTTATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCTATTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAGAAATTTTCAATAATTTTAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGCTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAAGTACTCTCTAGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGACAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTGATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAACTGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATGTATCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1937

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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644769.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 2200.48 bits (1191), Expect = 0.000e+0
Identity = 1287/1330 (96.77%), Postives = 1287/1330 (96.77%), Query Frame = 1

Query:        4 GCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAATCATATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCC---TAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAATTACTCTCTAGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTG-ATG 1329
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Sbjct:       78 GCTTTTCACCAATTTGCTTCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGTATTGATAATCGTTTTACACCAAAAACTTC---TATTACTTCTATTTCAAAACCAAAACCAAAACTAAAATCAAA------ATC---A---AACTTGAAATCGAGATCGAGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAATCTTATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCCTATTAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAGAAATTTTCAATAATTTTAAAAATCACAAGACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTGGGCTTATATGAAGCTTCATTCCATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGAAGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCAAGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGCTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCTCAAAGTACTCTCTAGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGACAGCTTTCTACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTGGATG 1392

HSP 2 Score: 529.262 bits (286), Expect = 5.723e-149
Identity = 294/298 (98.66%), Postives = 294/298 (98.66%), Query Frame = 1

Query:     1578 GGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1875
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Sbjct:     1388 GGATGAACTGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCAAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATGTATCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCCTATCCCCATGTAA 1685

[Close]

BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030645191.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA

HSP 1 Score: 1086.95 bits (588), Expect = 0.000e+0
Identity = 1498/1926 (77.78%), Postives = 1498/1926 (77.78%), Query Frame = 1

Query:        1 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGATCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGATAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACTATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGTGAATCATATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGTGAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAA---AACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAATTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATCATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAAT-A-AT-AACAACCCTA--AT-----C---C--TAATTATG---ATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAATATGGATTTGAAGTACCTCAAGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAGACAGG-AGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGGCTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATGAAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACA---A-AT--T--A-A-TGTC-AAGTAGTAATAA-TAATA--AT-A--TGACA-T--TA--A-TA-TCAT----TATTAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCT-CAA-ATTACTCTCTAGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAG-AATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTCTAC-TTT-ACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTGATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATG-T--CTA--A-AAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGA--CTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTA-ACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTTGATTATTACTCC 1862
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Sbjct:       77 ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAGAATTAATAATNGTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAAAACCAAAATCAAA------------CTTG--A---A-ATC------GAGATC--G----AGATCAAGTACTTGCTACCCCATACAATGTACTGTGGTCGATAACCCTAGTTCTACGATTACTAATAATAGTGATCGAAGATCAGCCAACTATGGACCTCCGATTTGGTCTTTTGATTTTATTCAATCTCTTCCAATCCAATATAAGGGAGAATCCTATACAAGGCAATTAAATAAGTTGAAGAAAGAAGTGACAAGAATGCTCCTTGGACTGGAAATTAACTCTTTAGCCCTACTTGAGCTAATTGATACATTGCAAAGGCTTGGAATATCTTACCATTTTAAGAATGAAATAAACACTATTTTGAAGAAAAAATACACTGATAATTATATTAACAATAATATTATTATTACTAACCCTAATTATAATAATTTATATGCCATTGCTCTCGAATTTAGGCTTCTACGCCAACATGGCTATACAGTACCTCAAGAAATTTTTAATGCTTTCAAGGAT-A-A-GAGAGGGAAATTTAAAA-CATGCTTGAGTGATGATATTATGGGAGTATTGTGTTTATATGAAGCTTCATTCTATGCTATGAAACATGAAAATATTTTGGAGGAAGCAAGAATTTTTTCAACTAAATGTCTTAAAAAATACATGGAGAAAATGGAGAATGAGGAAG-AGAAAAAAATATTATTATTAGATGATAATAATATTAATAGTAATTTGCTATTAATTAATCACGCTTTCGAGCTTCCGCTTCATTGGAGAATAACAAGATCGGAAGCTAGGTGGTTCATTGACGAAATATATGAGAAAAAACAAGACATGAATTCGACTTTGTTCGAGTTTGCGAAATTAGATTTTAATATAGTGCAATCAACACACCAAGAAGATTTACAACATT--TATCGAGGTGGTGGAGGGATTGTAAACTTGGTGGGAAATTGAATTTTGCTAGAGATAGATTGATGGAAGCTTTCTTATGGGATGTTGGACTAAAATTCGAGGGAGAATTCAGCTATTTTAGAAGAATAAATGCAAGATTATTTGTGCTTATAACAATAATTGATGATATTTATGATGTATATGGAACTTTGGAGGAATTAGAGCTTTTCACTAGTGCTGTTGAAAGATGGGATGTGAAATTAATCA-ATGAGTTACCAGATTACATGAAGATGCCTTTCTTTGTTTTAC--ACAATACCATAAATGAGATGGGGTTCGATGTATTAGTACAACAAAACTTTGTCAACATTGAATACCTTAAGAAATCGTGGGTAGATTTATGTAAATGTTATTTACAAGAAGCAAAATGGTATTATAGTGGATACCAACCAACATTGGAAGAATACACTGAGTTGGGTTGGCTTTCAATAGGAGCATCAGTAATTCTTATGCATGCTTATTTTTGTTTCACAAATCCTATAACAAAACAAGACTTGAAAAGCTTGCAATTACAACATCATTATCCCAACATAATTAAACAAGCAT-GCTTG-ATTACAAGGCTTGCAGATGATTTAGGAACATCTTCGGATGAATTGAATAGAGGCGACGTTCCTAAATCGATTCAATGTTACATGTACGATAATAATGCTACCGAAGACGAAGCTCGTGAACACATCAAGTTCTTGATAAGTGAAACATGGAAGGATATGAATAAGAAAGATG-AAG-ATGAGAGT-TGTTTA-TCAGAAAATTTTGTTGAAGTTTGCAAAAATATGGCTAGAACAGCACTATTCATATATGAGAATGGAGATGGACATGGTTCTCAGAATAGTTTATCAAAAGAACGTATTTCAACCTTGATTATTACTCC 1956

[Close]

BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644766.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA

HSP 1 Score: 1085.1 bits (587), Expect = 0.000e+0
Identity = 1498/1926 (77.78%), Postives = 1498/1926 (77.78%), Query Frame = 1

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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644770.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716066), mRNA

HSP 1 Score: 992.771 bits (537), Expect = 0.000e+0
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Query:      967 AGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTC-TACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTGTTCACATTGAATACTTCAAGAAACTGATGG-TAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGCATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAA-GAGGCATTGGAATGTCTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGATGAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTCAAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGCGATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTT-AGGGTTGATTATTACTCCTATCCCC 1869
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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644767.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA

HSP 1 Score: 824.726 bits (446), Expect = 0.000e+0
Identity = 1088/1385 (78.56%), Postives = 1088/1385 (78.56%), Query Frame = 1

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BLAST of KY014557.1 vs. Genbank
Match Name: XM_030644482.1
Description: PREDICTED: Cannabis sativa terpene synthase 10 (LOC115715811), mRNA

HSP 1 Score: 169.165 bits (91), Expect = 1.437e-40
Identity = 679/963 (70.51%), Postives = 679/963 (70.51%), Query Frame = 1

Query:      757 AATAATAATAA-TATGA-CATTAATATCATTAT----TAGTGAATCATGCTTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGA-AGCTAAATGGTTTATTGAAGAAATATATGA-AAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTTGAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGAGCT-CAA-ATTACTCTCTAGGTGGT-GGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAATTGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGAGTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACTCTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACATTGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAAGAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCA-GCTTTC-TACTTTACATACAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTA-CA--AGAACATGG-TTTTGTTCACATTGAA-TACTTCAAGAAACTGATGGTAGAGTTGTGTAAACATCATTTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAA-CATTGCAAGAATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTAT-GCATGCATATTTCGCTTTTA-CAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGT-C-T-AAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACGACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATGTTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGATGAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAG 1695
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Match Name	Summary
XM_030644768.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 97.55 Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030644769.1	E-Value: 5.723e-149, PID: 96.77 Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716064), transcript variant X2, mRNA [more]
XM_030645191.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 77.78 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716405), mRNA [more]
XM_030644766.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 77.78 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X1, mRNA [more]
XM_030644770.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 86.55 Description: PREDICTED: Cannabis sativa (-)-limonene synthase, chloroplastic-like (LOC115716066), mRNA [more]
XM_030644767.1	E-Value: 0.000e+0, PID: 78.56 Description: PREDICTED: Cannabis sativa myrcene synthase, chloroplastic (LOC115716063), transcript variant X2, mRNA [more]
XM_030644482.1	E-Value: 1.437e-40, PID: 70.51 Description: PREDICTED: Cannabis sativa terpene synthase 10 (LOC115715811), mRNA [more]

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

Performed on: 2021-09-02
Display provided by the neXtProt Feature Viewer


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR036965	Terpene synthase, N-terminal domain superfamily	GENE3D	1.50.10.130		coord: 125..294 e-value: 5.1E-196 score: 653.9
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IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	GENE3D	1.10.600.10		coord: 88..607 e-value: 5.1E-196 score: 653.9
IPR008949	Isoprenoid synthase domain superfamily	SUPERFAMILY	48576	Terpenoid synthases	coord: 296..624
None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225:SF9		coord: 78..623
None	No IPR available	PANTHER	PTHR31225	FAMILY NOT NAMED	coord: 78..623
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IPR008930	Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid	SUPERFAMILY	48239	Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases	coord: 86..294

Cannabis sativa isolate Finola_TPS1 terpene synthase mRNA
complete cds

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, FN-clones109 (TMM50 minvalue)

Reanalysis of 21 trichome RNA-Seq samples, PK-clones109 (TMM50 minvalue)

Interpro result TPS-TSA-THC Csativa

blastn of TPS CDS against cs10 mRNA

blastn of TPS CDS against cs10 genome

blastn of TPS CDS against pkv5 mRNA

blastn of TPS CDS against pkv5 genome

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Sequences

Sequence	ATGGCTTTTCACCAATTTGCTCCATCATCATCCCTCCCTATTTGGAGTAG AGTTAATAATCCTTTTACACCAAAAACTTCTATTATTACTTCTATTTCAA AACCAAAATCAAAACCAAAATCAAACTTGAAATCGAGATCGAAATTGAGA TCGAGATCAAGATCAAGTACTTGTTACCCCATACAATGTATTGTGATTGA TAACCCTAGTTCTACGATTATTAATAATAGTGATCGAAGATCGGCCAACT ATGGACCTCCCATTTGGTCTTTTGATTTTGTTCAATCTCTTCCAATCCAA TATAAGGGTGAATCATATACAAGTCGATTAAATAAGTTGGAGAAAGATGT GAAAAGGATGCTAATTGGAGTGGAAAACTCTTTAGCCCAACTTGAACTAA TTGATACAATACAAAGACTTGGAATATCTTATCGTTTTGAAAATGAAATC ATTTCTATTTTGAAAGAAAAATTCACCAATAATAATAACAACCCTAATCC TAATTATGATTTATATGCTACTGCTCTCCAATTTAGGCTTCTACGCCAAT ATGGATTTGAAGTACCTCAAGAAATTTTCAATAATTTCAAAAATCACAAG ACAGGAGAGTTCAAGGCAAATATAAGTAATGATATTATGGGAGCATTAGG CTTATATGAAGCTTCATTCTATGGGAAAAAGGGTGAAAGTATTTTGGATG AAGCAAGAATTTTCACAACAAAATGTCTCAAAAAATACAAATTAATGTCA AGTAGTAATAATAATAATATGACATTAATATCATTATTAGTGAATCATGC TTTGGAGATGCCACTTCAATGGAGAATCACAAGATCAGAAGCTAAATGGT TTATTGAAGAAATATATGAAAGAAAACAAGACATGAATCCAACTTTACTT GAGTTTGCCAAATTGGATTTCAATATGGTGCAATCAACATATCAAGAGGA GCTCAAATTACTCTCTAGGTGGTGGAAGGATTCTAAACTTGGAGAGAAAT TGCCTTTCGTTAGAGATAGATTGGTGGAGTGTTTCTTATGGCAAGTTGGA GTAAGATTTGAGCCACAATTCAGTTACTTTAGAATAATGGATACAAAACT CTATGTTCTATTAACAATAATTGATGATATGCATGACATTTATGGAACAT TGGAGGAACTACAACTTTTCACTAATGCTCTTCAAAGATGGGATTTGAAA GAATTAGATAAGTTACCAGATTATATGAAGTCAGCTTTCTACTTTACATA CAATTTCACAAATGAATTGGCATTTGATGTATTACAAGAACATGGTTTTG TTCACATTGAATACTTCAAGAAACTGATGGTAGAGTTGTGTAAACATCAT TTGCAAGAGGCAAAATGGTTTTATAGTGGATACAAACCAACATTGCAAGA ATATGTTGAGAATGGATGGTTGTCTGTGGGAGGACAAGTTATTCTTATGC ATGCATATTTCGCTTTTACAAATCCTGTTACCAAAGAGGCATTGGAATGT CTAAAAGACGGTCATCCTAACATAGTTCGCCATGCATCGATAATATTACG ACTTGCAGATGATCTAGGAACATTGTCGGATGAAATGAAAAGAGGCGATG TTCCTAAATCAATTCAATGTTATATGCACGATACTGGTGCTTCTGAAGAT GAAGCTCGTGAGCACATAAAATATTTAATAAGTGAATCATGGAAGGAGAT GAATAATGAAGATGGAAATATTAACTCTTTTTTCTCAAATGAATTTGTTC AAGTTTGCCAAAATCTTGGTAGAGCGTCACAATTCATATACCAGTATGGC GATGGACATGCTTCTCAGAATAATCTATCGAAAGAGCGCGTTTTAGGGTT GATTATTACTCCTATCCCCATGTAA
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1875

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4d34f9620dd4b02ca96793b4774f4d66

Summary

Resource Type	mRNA
Accession	KY014557.1
Organism	Cannabis sativa L.
Name	KY014557.1
Identifier	KY014557.1
Time Accessioned	Saturday, December 21, 2024 - 17:45
Time Last Modified	Saturday, December 21, 2024 - 17:45